CZI

Das CZI-Dateiformat wurde von ZEISS speziell für die Anforderungen an die Bildgebung in der Mikroskopie entwickelt. Die ZEN Bildgebungssoftware speichert in diesem Format mehrdimensionale Bilder wie z. B. zeitaufgelöste Aufnahmen, Z-Stapel, Bilder von Versuchen mit mehreren Positionen und virtuelle Objektträger. CZI kombiniert Ihre Bildgebungsdaten mit allen relevanten Metainformationen zu einer kompakten Datei.

Immer mehr Projekte und Unternehmen verwenden und unterstützen das CZI-Format bereits mit ihren Anwendungen, darunter:

• OME Bio-Formats/OMERO, Fiji und ImageJ, Python (über python-bioformats oder czifle.py), CellProfiler
• Icy, KNIME, MATLAB, Visiopharm, Imaris, Da-Cons
• HS-Analysis, arivis Browser / arivis Vision4D, MicrBrightfeld, Indica Labs, Image Pro, Amira
• Definiens, microDimensions, Orbit, QuPath, digitallabware, TissueGnostics

Diese Informationen sind immer verfügbar, sodass die Bedingungen, unter denen Ihre Bilder aufgenommen wurden, selbst nach Jahren noch absolut reproduzierbar sind. Wenn Sie die Bilder mit Ihren Kollegen teilen möchten, können diese unsere kostenlose ZEN lite Software nutzen, um sich die Bilder im CZI-Format anzeigen zu lassen und zu verarbeiten.

Wenn Sie Ihre CZI-Bilder auch mit anderen Softwareprogrammen verarbeiten und analysieren möchten, stellen wir Ihnen zu diesem Zweck gern die interne Dokumentation des CZI-Dateiformats zur Verfügung. 

Die ZEN Software und ZEISS Workstations für die mikroskopische Bildgebung sind für Plattformen ausgelegt, die auf der 64-Bit-Version von Microsoft Windows laufen. Damit Sie auch dann von ZEN profitieren können, wenn Sie mit einem anderen Betriebssystem arbeiten, z. B. MacOS X oder Linux, bietet ZEISS Dokumentation für Interoperabilität und darüber hinaus Kooperationen mit bewährten Partnerprojekten und Unternehmen an.

Bilder, die mit ZEN Software und ZEISS Mikroskopiesystemen erstellt werden, werden im vollständig dokumentierten Dateiformat CZI gespeichert. Wenn Sie Dateien in diesem Format auf Plattformen anzeigen lassen und verarbeiten müssen, die nicht auf dem Betriebssystem Windows basieren, empfehlen wir Ihnen, die Projekt-Homepages von ImageJ zu besuchen und das ImageJ-basierten Fiji-Softwarepaket zu nutzen. Vorkompilierte Installationsdateien dieser quelloffenen Bildgebungsprogramme sind für MacOS X und eine Reihe von Linux-Distributionen sowie für verschiedene Plugins für Analyse- und Verarbeitungszwecke verfügbar. Der CZI-Bild- und Metadatenimport wird durch das Bio-Formats-Plugin von Open Microscopy Environment unterstützt.

Bitte haben Sie Verständnis dafür, dass ZEISS Microscopy für diese Anwendungen keinerlei Unterstützung auf Benutzerebene leisten kann. ZEISS unterstützt dafür Projekte und Gemeinschaften für freie Software mit Zugang auf Entwicklerebene, Dokumentation und SDKs für ausgewählte Mikroskopieprodukte. Wenn Sie als Entwickler Interesse haben, können Sie sich für einen kostenlosen Zugang zur CZI-Dokumentation registrieren.