Systèmes d'imagerie pour la biologie spatiale

L'Axioscan 7 pour la biologie spatiale peut séparer 8 canaux de fluorescence, actuellement activés par les réactifs Kromnigon SpectraClick. Un panel type peut être constitué de 7 marqueurs cibles plus DAPI. Les fluorophores supportés incluent DAPI, CFP, GFP, DsRed, Cy3, Cy5, Cy7 et les fluorophores présentant des propriétés spectrales similaires. Une coloration en une fois et une imagerie en une seule prise sont possibles pour 8 canaux. Pour passer à des numéros de marqueurs plus élevés (par ex. 14, 28, etc.), il est possible de procéder à une coloration et une imagerie cycliques.

Le système prend en charge un large éventail de réactifs et de fluorophores recommandés, compatibles avec les jeux de filtres intégrés. Lorsqu'un test optimisé avec des intensités de signal équilibrées est utilisé entre des canaux adjacents, le crosstalk entre les canaux est minimal, généralement autour de 4 %. Si nécessaire, le démixage spectral intégré peut être appliqué comme une étape de post-traitement automatisée pour affiner davantage la clarté du signal sans effort supplémentaire de la part de l'utilisateur.

La capacité physique du système est de 100 lames (25 plaques de 4 lames chacune). Le système est capable de numériser plus de 100 lames par jour grâce à son haut niveau d'automatisation et à sa grande vitesse de numérisation. Une surface de tissu de 10 mm2 peut être scannée en 3 à 10 minutes environ, en mode de scan uniquement, pour un test 5 ou 8 Plex respectivement.

Si vous utilisez un système Axioscan 7, une mise à niveau vers la configuration pour la biologie spatiale est toujours possible. Il n'existe pas de mise à niveau depuis l'Axioscan Z.1. Pour avoir plus d'informations sur l'assistance que nous pouvons vous apporter dans votre transition, veuillez contacter votre équipe commerciale et d'assistance ZEISS locale.

Non, la coloration des anticorps est effectuée hors de l'instrument. En fonction du système de test, l'ensemble du panel peut être coloré en une seule fois ou en plusieurs étapes, manuellement ou à l'aide d'un colorateur automatique, avant d'être numérisé avec le système Axioscan 7 pour la biologie spatiale.

Oui. Un seul cycle peut inclure jusqu'à 100 lames, chacune pouvant contenir plusieurs coupes de tissu ou carottes. Des profils de scan préconfigurés pour les tissus colorés par mIF et par test chromogène peuvent être sélectionnés pour chaque échantillon, ce qui permet aux utilisateurs de charger et d'exécuter diverses expériences en un seul lot, dans un seul flux de tâches automatisé.

Nous recommandons une épaisseur de tissu de 2 à 10 μm pour un balayage optimal. Cependant, pour des coupes plus épaisses, le système prend en charge l'imagerie pile Z afin de capturer plusieurs plans focaux, garantissant ainsi une acquisition de données de haute qualité.

L'épaisseur recommandée pour obtenir des résultats optimaux avec l'algorithme d'analyse des données est de 2 à 5 μm. 

Aucune expérience préalable en microscopie n'est requise. Le logiciel et le scanner sont conçus pour être faciles à utiliser grâce à une interface intuitive et à des flux de tâches automatisés qui permettent à tout opérateur de faire fonctionner le système de manière efficace, avec une formation minimale, voire aucune formation.

Le système inclut une bibliothèque de profils de scan pré-optimisés dans sa base de données, pour les tets de fournisseurs compatibles. Une fois intégré au système LIMS ou au cahier de laboratoire de l'utilisateur, l'Axioscan récupère automatiquement les informations de l'échantillon, dont le type de test, et applique le profil de scan correspondant, ce qui élimine l'étape préalable de configuration manuelle ou de formation intensive.

Oui. SlideStream dispose d'une fonctionnalité simplifiée pour configurer des tests personnalisés, ce qui permet aux utilisateurs de définir rapidement les paramètres de numérisation et d'analyse sans configurations complexes. Cette fonctionnalité permet de configurer le système de manière flexible pour de nouveaux tests, tout en conservant l'efficacité du flux de tâches et la convivialité du système.

Oui, vous pouvez importer un fichier CSV simple contenant le nom des échantillons et les informations relatives au type de test, qui peuvent ensuite être téléchargés dans le système pour obtenir un fonctionnement fluide. Vous pouvez également saisir manuellement les détails de l'échantillon directement dans l'interface du logiciel et sélectionner le test approprié pour lancer la numérisation.

L'Axioscan 7 se connecte au LIMS en scannant les codes QR ou les codes-barres figurant sur l'étiquette des lames. Le scanner lit l'identifiant unique des lames à partir du code figurant sur l'échantillon et récupère les informations supplémentaires requises dans le LIMS. Ces informations sont ensuite utilisées pour remplir automatiquement l'interface SlideStream avec les détails pertinents, afin de fluidifier le flux de tâches et de réduire la nécessité de saisir manuellement des données préexistantes.

Pour obtenir des performances optimales, nous recommandons d'utiliser la dernière version de Google Chrome, de disposer d'une connexion internet stable ayant un débit d'au moins 10 Mbps et d'un ordinateur équipé d'un système d'exploitation récent à jour. Le respect de ces exigences assure le fonctionnement fluide et la réactivité de la plateforme.

Grâce au flux de tâches SlideStream, les images sont automatiquement chargées sur l'instance du serveur cloud spécifique au client dès que la numérisation est terminée. Une fois chargées, les images sont immédiatement accessibles pour être examinées dans l'IMS mIF. Une connexion Internet active est nécessaire pour que le scanner puisse assurer ce transfert de données fluide.

Non, le fonctionnement de l'IMS est basé sur un navigateur, il faut donc disposer d'un navigateur pour accéder à son interface. Il est toutefois possible d'installer une option de déploiement local qui n'est pas basée sur le cloud, qui utilise toujours le navigateur mais fonctionne intégralement dans le réseau du client. Dans cette configuration, nos modèles d'IA conteneurisés sont installés sur site, ce qui garantit que les données d'image et les résultats restent entièrement contenus dans l'infrastructure locale. Veuillez nous contacter pour discuter plus en détail du processus.

À l'heure actuelle, une version autonome sans ZEISS SlideStream n'est pas disponible. Cependant, nous continuons d'étudier activement cette option. En attendant, nous proposons des intégrations personnalisées dans les plateformes IMS existantes. Celles-ci peuvent aller d'intégrations superficielles, avec l'affichage des résultats dans une fenêtre séparée du navigateur Mindpeak IMS, à des intégrations approfondies, où les résultats sont directement intégrés dans des visionneuses IMS de fournisseurs tiers. L'expérience acquise grâce à notre collaboration avec 16 fournisseurs IMS, dont Paige, Sectra, Philips et Proscia, garantit une intégration transparente dans les flux de tâches mIF.

Oui, un déploiement local est possible. Pour les clients qui traitent de grands volumes d'images ou qui ont besoin d'un stockage local de données, Mindpeak propose des options de déploiement hybride. Dans cette configuration, les données sont stockées sur le serveur du client tandis que le traitement est effectué sur l'infrastructure sécurisée du cloud Mindpeak, ce qui permet de réduire les coûts de stockage tout en conservant un plus grand contrôle sur les données sensibles.

Les cellules sont détectées par le modèle de base à partir des données fournies par le colorant de contraste nucléaire, par exemple le DAPI, et chaque canal de marqueur individuel. Contrairement aux méthodes qui ne sont pas basées sur l'IA, la détection des cellules repose sur leur morphologie visible, ce qui rend ces solutions très fiables. Les modèles d'IA fondamentaux s'appuient sur des dizaines de milliers d'images et des millions de points de données provenant de nombreux marqueurs et types de tissus différents, et permettent de détecter des marqueurs similaires sans nécessiter de formation supplémentaire.

Les limites de stockage sont définies par l'infrastructure informatique des clients, telle que spécifiée dans les forfaits qu'ils ont choisis. L'acquisition de capacités de stockage supplémentaires peut toujours avoir lieu de manière ponctuelle, en fonction des besoins et du budget du client.

Nous recommandons une connexion internet de 100 Mbit/s ou plus, un débit de 1 Gbit/s étant idéal pour obtenir des performances plus fluides, en particulier lorsque vous travaillez avec des images volumineuses ou dans des environnements multi-utilisateurs. Pour la meilleure expérience possible, utilisez Google Chrome (version 120 ou supérieure).

Nous travaillons exclusivement avec des fournisseurs de services de cloud certifiés ISO 27001, tels qu'AWS et Hetzner, afin de garantir une protection des données de niveau professionnel. Toutes les données sont cryptées, tant au repos qu'en transit, et des audits de sécurité sont effectués régulièrement afin de protéger vos recherches sensibles. Ces mesures garantissent la sécurité, la confidentialité et le contrôle total de vos données.

• https://d1.awsstatic.com/certifications/iso_27001_global_certification.pdf
• https://www.hetzner.com/assets/downloads/FOX-Zertifikat.pdf