Imaging-Systeme für Spatial Biology

Axioscan 7 Spatial Biology kann 8 Fluoreszenzkanäle trennen, die aktuell von den Kromnigon SpectraClick-Reagenzien unterstützt werden. Ein typisches Panel könnte 7 Target-Marker plus DAPI umfassen. Zu den unterstützten Fluorophoren zählen DAPI, CFP, GFP, DsRed, Cy3, Cy5, Cy7 sowie Fluorophore mit ähnlichen spektralen Eigenschaften. Einzelfärbedurchgänge und Einzelaufnahmen können für 8 Kanäle durchgeführt werden. Soll eine höhere Anzahl von Marker verwendet werden (z. B. 14, 28 usw.), sind ein zyklisches Färben und Imaging möglich.

Das System unterstützt eine Vielzahl empfohlener Reagenzien und Fluorophore, die zu den integrierten Filtersätzen passen. Wenn Sie ein optimiertes Assay mit ausgewogener Signalintensität zwischen benachbarten Kanälen verwenden, kommt es nur zu einer minimalen Kanalüberlagerung, die in der Regel bei etwa 4 % liegt. Bei Bedarf kann integriertes Spectral Unmixing als automatisierter Nachbearbeitungsschritt angewendet werden, sodass die Signalklarheit ohne zusätzlichen Aufwand für den Bediener erhöht wird.

Die Systemkapazität liegt bei 100 physischen Slides (25 Trays mit je 4 Slides). Dank der hochgradigen Automatisierung und der hohen Scangeschwindigkeit kann das System mehr als 100 Slides pro Tag aufnehmen. Ein Gewebebereich von 10 mm² lässt sich in etwa 3 bis 10 Minuten (reine Scandauer) in 5- bzw. 8-Plex scannen.

Wenn Sie einen Axioscan 7 nutzen, ist ein Upgrade auf die Spatial Biology-Konfiguration möglich. Für AxioScan Z.1 gibt es keine Upgrading-Möglichkeit. Nähere Informationen dazu, wie wir Sie bei der Umstellung unterstützen können, erhalten Sie bei Ihrem örtlichen ZEISS Vertriebs- und Supportteam.

Nein, die Antikörperfärbung erfolgt außerhalb des Geräts. Je nach Assay-System kann das gesamte Panel gleichzeitig oder in mehreren Durchgängen gefärbt werden (wahlweise manuell oder mit einem automatisierten Färbegerät), bevor das Panel mit dem Axioscan 7 Spatial Biology-System gescannt wird.

Ja. Ein einziger Durchlauf kann bis zu 100 Slides umfassen, die jeweils wiederum mehrere Gewebeschnitte oder Zellkerne enthalten können. Für jede Probe stehen vorkonfigurierte Scanprofile für mit mIF oder chromogenen Assays gefärbtes Gewebe zur Auswahl. Die Anwender können verschiedene Versuche in einer Charge und mit einem einzigen automatisierten Workflow beladen und ausführen.

Für optimale Scanergebnisse wird eine Gewebedicke von 2–10 μm empfohlen. Bei dickeren Schnitten unterstützt das System das Imaging mit Z-Stapeln, das mehrere Fokusebenen erfasst und damit eine hochwertige Datenerfassung gewährleistet.

Die empfohlene Dicke für optimale Ergebnisse mit dem Datenanalysealgorithmus beträgt 2–5 µm. 

Es sind keine Mikroskopiekenntnisse erforderlich. Die Software und der Scanner sind bedienfreundlich mit intuitiver Oberfläche und automatisierten Workflows gestaltet. So kann jeder Anwender ohne oder nach nur minimaler Schulung das System effizient bedienen.

Das System umfasst eine Bibliothek mit voroptimierten Scanprofilen für Assays von unterstützten Reagenzanbietern, die in der Datenbank gespeichert sind. Axioscan ist in das LIMS oder Laborbuchsystem des Anwenders integriert und kann damit automatisch Probeninformationen abrufen (z. B. den Assay-Typ) und das entsprechende Scanprofil anwenden. Eine manuelle Einrichtung und umfangreiche Schulungsmaßnahmen entfallen daher.

Ja. SlideStream bietet eine einfache Funktion zum Einrichten individueller Assays, mit der die Anwender im Handumdrehen die Scan- und Analyseeinstellungen festlegen können, ohne eine komplexe Konfiguration vornehmen zu müssen. Dies ermöglicht die flexible Anpassung an neue Assays, wobei der Workflow effizient und bedienfreundlich bleibt.

Ja, Sie können eine einfache CSV-Datei mit den Probennamen und den Assay-Typen importieren, die dann nahtlos in das System hochgeladen wird. Alternativ können Sie die Probeninformationen manuell direkt über die Bedienoberfläche der Software eingeben und den entsprechenden Assay auswählen, um den Scan zu starten.

Axioscan 7 scannt QR-Codes oder Barcodes, die auf den Slide-Etiketten aufgedruckt sind, um sich mit dem LIMS zu verbinden. Der Scanner liest die eindeutige ID der Slides aus dem Code auf der Probe ein und ruft die erforderlichen zusätzlichen Informationen aus dem LIMS ab, die dann automatisch mit den relevanten Informationen in die SlideStream-Bedienoberfläche übernommen werden. Der Workflow wird optimiert und bereits vorhandene Daten müssen nicht manuell erneut eingegeben werden.

Für eine optimale Leistung empfehlen wir die neueste Version von Google Chrome, eine stabile Internetverbindung mit mindestens 10 Mbit/s Bandbreite sowie einen Computer mit einem gängigen Betriebssystem in der jeweils aktuellen Version. Diese Anforderungen gewährleisten einen reibungslosen, zuverlässigen Betrieb der Plattform.

Die Bilder werden über den SlideStream-Workflow automatisch in die kundenspezifische Cloudserverinstanz hochgeladen, sobald der Scanvorgang beendet ist. Sobald die Bilder hochgeladen wurden, können sie sofort im mIF IMS eingesehen werden. Für diese nahtlose Datenübertragung benötigt der Scanner eine aktive Internetverbindung.

Nein, das IMS ist browserbasiert und die Bedienoberfläche kann nur über einen Browser geöffnet werden. Es ist allerdings möglich, eine lokale Nicht-Cloud-Bereitstellungsoption zu installieren, die zwar auf den Browser zugreift, aber vollständig innerhalb des Kundennetzwerks arbeitet. In diesem Setup werden unsere gedockten KI-Modelle vor Ort installiert, sodass gewährleistet ist, dass die Bild- und Ergebnisdaten vollständig in der lokalen Infrastruktur verbleiben. Bitte sprechen Sie uns an, wenn Sie sich näher über diese Abläufe informieren möchten.

Aktuell ist keine Stand-alone-Version ohne ZEISS SlideStream verfügbar. Wir prüfen diese Option jedoch aktiv. In der Zwischenzeit bieten wir individuelle Integrationen in bestehende IMS-Plattformen an. Die Bandbreite reicht dabei von einfachen Integrationen mit Anzeige der Ergebnisse in einem separaten Mindpeak-IMS-Browserfenster bis hin zu tiefergehenden Integrationen, in denen die Ergebnisse direkt in IMS-Viewer von Drittanbietern eingebettet werden. Mit unseren Erfahrungen aus der Partnerschaft mit 16 IMS-Anbietern, darunter Paige, Sectra, Philips und Proscia, unterstützen wir die nahtlose Integration in mIF-Workflows.

Ja, eine lokale Bereitstellung ist möglich. Für Kunden, die mit großen Bildvolumina arbeiten oder eine lokale Datenspeicherung benötigen, bietet Mindpeak verschiedene Hybrid-Bereitstellungsoptionen an. In diesem Setup werden die Daten auf dem Kundenserver gespeichert, wobei die Verarbeitung in der sicheren Cloud-Infrastruktur von Mindpeak erfolgt. Es können Kosten für die Speicherung eingespart werden und es ist eine bessere Kontrolle über sensible Daten gewährleistet.

Die Zellen werden durch das Basismodell auf der Grundlage der Zellkern-Gegenfärbung, z. B. DAPI und jedes einzelnen Marker-Kanals, erkannt. Im Gegensatz zu Methoden ohne KI beruht die Zellerkennung auf der sichtbaren Morphologie der Zellen. Damit sind diese Lösungen äußerst stabil. Die KI-Basismodelle basieren auf Zehntausenden von Bildern und Millionen von Datenpunkten über zahlreiche verschiedene Marker und Gewebetypen hinweg. Die Modelle ermöglichen die Erkennung ähnlicher Marker ohne zusätzliches Training.

Die Speicherlimits ergeben sich aus der IT-Infrastruktur der Kunden gemäß den erworbenen Paketen. Zusätzliche Speicherkapazitäten können jederzeit je nach Anforderungen und Budget des Kunden zugekauft werden.

Wir empfehlen eine Internetverbindung mit 100 Mbit/s oder höher. Eine Geschwindigkeit von 1 Gbit/s ist ideal für einen reibungslosen Arbeitsablauf, insbesondere bei großen Bildern oder in Mehrbenutzerumgebungen. Die besten Abläufe erzielen Sie mit Google Chrome (Version 120 oder höher).

Wir arbeiten ausschließlich mit ISO-27001-zertifizierten Cloudanbietern wie AWS und Hetzner zusammen, um den Datenschutz auf Unternehmensniveau zu gewährleisten. Alle Daten werden sowohl am Speicherort als auch während der Übertragung verschlüsselt und es werden regelmäßige Sicherheitsprüfungen durchgeführt, um Ihre sensiblen Forschungsdaten zu schützen. Diese Maßnahmen sorgen dafür, dass Ihre Daten sicher, vertraulich und ganz unter Ihrer Kontrolle bleiben.

• https://d1.awsstatic.com/certifications/iso_27001_global_certification.pdf
• https://www.hetzner.com/assets/downloads/FOX-Zertifikat.pdf