Logiciel

ZEISS arivis Pro

Solution pour l'analyse et la visualisation avancées d'images

Optimisez le potentiel de vos images grâce à nos puissants outils d'analyse et de visualisation d'images. Créez des pipelines d'analyse transparents en quelques clics. Traitez sans effort des ensembles de données volumineux sur des postes de travail compatibles. « Entrez dans votre échantillon » à l'aide de notre boîte à outils de VR et découvrez de nouvelles perspectives.

Solution « click & play » pour les flux de tâches de routine ou personnalisés
Possibilité de combiner différents opérateurs pour créer des pipelines flexibles
Compatibilité avec de nombreux formats de fichiers d'imagerie
Évolution dynamique de vos recherches grâce à l'IA et sans programmation
Visualisation de données volumineuses grâce à un moteur 3D alimenté par un processeur graphique (GPU)

Scientifique travaillant dans un laboratoire de microscopie et regardant un écran de bureau affichant le logiciel ZEISS arivis Pro avec les résultats d'analyse des complexes de pores nucléaires provenant des données obtenues par microscopie électronique volumétrique FIB-SEM. Deux autres scientifiques se trouvent en arrière-plan.

Pipelines d'analyse d'images flexibles et de bout en bout

ZEISS arivis Pro permet d'automatiser les pipelines d'analyse et de visualisation d'images. Exploitez les méthodes traditionnelles ou les modèles d'IA sans effort et créez des pipelines pour n'importe quelle dimension, modalité ou taille d'image, sans pour autant posséder de connaissances en programmation.

Le logiciel prend en charge et traite plus de 30 formats de fichier courants. Traitez efficacement et facilement les fichiers volumineux. Des pipelines préconfigurés et des tests standard sont disponibles pour les tâches d'analyse simples ou exigeantes. Vous pouvez également personnaliser des pipelines adaptés à vos objectifs spécifiques.

Un seul clic suffit pour reproduire votre analyse et obtenir des résultats quantitatifs cohérents. Améliorez votre productivité et obtenez des résultats reproductibles.

Demander une démonstration

Analyse subcellulaire basée sur un modèle IA d'une image FIB-SEM — Avec l'aimable autorisation d'Anna Steyer et Yannick Schwab, EMBL.

Analyse 3D avancée

Améliorez rapidement vos résultats grâce à l'IA, même pour les tâches complexes. Ajoutez des annotations aux coupes de votre pile Z afin d'entraîner votre modèle de segmentation et de classification, puis appliquez-les à l'ensemble de données. Utilisez localement des opérateurs d'apprentissage automatique et d'apprentissage profond ou entraînez des modèles dans le cloud, puis importez-les pour former le cœur de votre pipeline automatisé. Visualisez les résultats en 3D et créez des vidéos pour générer un rapport d'analyse soigné en quelques clics.

Analyse d'organoïdes en 3D — Échantillon fourni avec l'aimable autorisation du laboratoire Lutholf, imagerie réalisée par Frank Vogler au centre du service client ZEISS

Analyse de contenu approfondie

La découverte de médicaments pour les pathologies complexes nécessite des méthodes d'analyse d'images avancées, telles que le dépistage avec vue élargie du phénotype cellulaire ou tissulaire, modulable de 2D en 4D. Entraînez un modèle d'IA à l'aide du logiciel ZEISS arivis sur le cloud ou localement, automatisez l'analyse d'images pour gagner du temps, réduire les biais humains et obtenir des résultats cohérents.

Tracking et lignage

Quantifiez la division cellulaire et les phénotypes migratoires, puis suivez les évolutions dans des ensembles d’images en 2D et 3D de différentes tailles. Utilisez ZEISS arivis Pro VR pour contrôler avec précision les pistes générées automatiquement dans un environnement de réalité virtuelle immersif. Appliquez à nouveau très facilement votre pipeline à d'autres ensembles de données.

Traçage 3D automatisé des tissus neuronaux (cerveau de souris). — Avec l'aimable autorisation du Dr Steffen Burgold, ZEISS RMS Customer Center Oberkochen, Allemagne.

Traçage 3D automatisé des tissus neuronaux (cerveau de souris). Avec l'aimable autorisation du Dr Steffen Burgold, ZEISS RMS Customer Center Oberkochen, Allemagne. — Avec l'aimable autorisation du Dr Steffen Burgold, ZEISS RMS Customer Center Oberkochen, Allemagne.

Neurobiologie

Déployez des algorithmes avancés pour le traçage neuronal permettant une analyse automatique et reproductible de diverses images en un seul clic. Quantifiez les neurones, les cellules gliales / microgliales, les axones et bien plus encore, même avec un faible rapport signal sur bruit (SNR). Modifiez facilement les tracés à l'aide de nos outils interactifs semi-automatiques et de réalité virtuelle. Analysez les données des expériences passées, quel que soit le format de l'image.

Échantillon d'une pieuvre visualisé dans un environnement de VR avec commande vocale.

ZEISS arivis Pro VR Toolkit

Découvrez votre échantillon sous un nouvel angle grâce à une expérience immersive de réalité virtuelle. Oubliez le clavier et la souris ! Vous pouvez directement déplacer, faire pivoter, changer d'échelle et configurer vos données d'images numériques. Vous ferez l'expérience d'une profondeur de vue équivalente au monde réel.

Explorez votre échantillon en 3D
Observez des détails sous différents angles
Collaborez avec des collègues pour l'examen en direct de votre échantillon et de vos résultats
Bénéficiez d'une commande vocale et manuelle conviviale
Profitez de la relecture et de l'édition efficaces et interactives des résultats d'analyse automatique.

Convertir plus de 30 formats de fichiers image

Peu importe l'instrument utilisé pour créer votre image, le format ou la taille du fichier : le convertisseur ZEISS arivis SIS convertit facilement votre fichier image dans notre format SIS (Scalable Image Storage). Ainsi, vous pouvez explorer rapidement et de manière interactive vos images avec ZEISS arivis Pro, arivis Pro VR et arivis Hub. Gagnez un temps précieux, tout en conservant l'ensemble des données pour une analyse avancée.

Prise en charge de la conversion de fichiers pour plus de 30 formats
Mise en file d'attente de plusieurs tâches d'importation et de conversion
Conversion par lots sans intervention
Interface conviviale de gestion des tâches de conversion
Utilisation au-delà des images de microscopie (p. ex., CT, MRI)

Formats de fichiers image pris en charge

L'analyse d'images avancée simplifiée avec ZEISS arivis Pro 4.3

ZEISS arivis Pro 4.3 apporte des améliorations considérables dans les capacités d'analyse d'images. Voici un résumé des principales nouveautés.

Améliorations fondamentales :

Traçage des arêtes neurales assisté par l'IA : analyse avancée de la structure neuronale grâce à la détection automatisée des arêtes neurales à l'aide de modèles d'IA entraînés au préalable et d'approches classiques
Mesures cellulaires améliorées pour HCA : capacités de mesure étendues permettant des ensembles de caractéristiques plus riches pour la coloration cellulaire et d'autres applications d'analyse à haut contenu (HCA)
Assistance CZI native : garantit la cohérence des formats sur les plateformes d'imagerie et d'analyse de ZEISS tout en rationalisant les flux de tâches grâce au traitement direct des fichiers, sans étapes de conversion intermédiaires
Améliorations complémentaires

Prise en charge de nouveaux formats de fichiers : élargit la capacité d'arivis Pro à lire plusieurs formats de fichiers de microscopie, permettant de prendre en charge les installations qui utilisent différentes plateformes d'imagerie.

Optimisation des performances : pour l'apprentissage profond
Traitement plus rapide de l'apprentissage profond pour la segmentation des instances
Amélioration de l'utilisation de la mémoire partagée
Prise en charge étendue de la segmentation des instances pour les machines virtuelles et ZEISS arivis Hub

Aperçu pour le formateur local en apprentissage profond : permet aux utilisateurs d'évaluer la qualité de la segmentation par plan d'un modèle entraîné, en fournissant un retour d'information immédiat sur ses performances sans nécessiter l'exécution d'un pipeline d'analyse en 3D complet.
Améliorations de la visualisation : l'amélioration du rendu des surfaces dans 4D Viewer permet de créer des visualisations 3D plus naturelles, ce qui profite notamment aux résultats de la segmentation des instances en éliminant l'aspect « empilé » des objets segmentés.
Contenu tiers bloqué

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Le logiciel ZEISS arivis place la personnalisation au premier plan de l'analyse d'images de microscopie

ZEISS arivis Pro 4.2 offre aux utilisateurs la liberté de choisir la méthode d'analyse d'image en fonction de leurs besoins.

La nouvelle version comprend des outils améliorés pilotés par l'IA, des fonctionnalités d'analyse en 3D et la gestion de grands ensembles de données. Le logiciel apporte une flexibilité inédite pour adapter les flux de tâches d'analyse d'image de microscopie afin de répondre aux questions inhérentes à la recherche.

Visionnez cette courte vidéo pour en savoir plus sur les dernières fonctionnalités.
goutte-à-goutte cellpose

Fonctionnalités

Nouveautés et à noter :

Maillage et rendu optimisés pour un nombre illimité d'objets dans 4D Viewer
Segmentation par instance (basée sur les objets) guidée par des modèles d'apprentissage profond entraînés sur ZEISS arivis Cloud

Segmentation des cellules et des noyaux dans les images obtenues par microscopie au moyen de l'opération Cellpose
La prévisualisation de haute précision dans le pipeline d'analyse peut utiliser des données en 3D pour produire une prévisualisation plus pertinente
L'analyse peut afficher directement une prévisualisation dans 4D Viewer pour les opérations de création d'objets (p. ex. Neuron Tracer)
L'apprentissage automatique peut optimiser automatiquement l'ensemble des fonctionnalités utilisées (pour améliorer les performances)
Amélioration de la gestion d'un très grand nombre d'objets dans la table des objets
Changement complet d'identité de la marque : Le logiciel s'appelle désormais ZEISS arivis Pro
Échantillon de microscopie électronique cryo-volumétrique (Cryo-vEM) d'Arabidopsis thaliana fourni par York-Dieter Stierhof, Université de Tübingen.

Récapitulatif des modifications de la version arivis Vision4D 4.1.2 du 16 novembre 2023

Segmenteur Cellpose :

Amélioration : meilleurs contrôles de la mémoire pour éviter les erreurs internes
Amélioration : des erreurs et des avertissements plus clairs
Amélioration : meilleure description des modèles pré-entraînés disponibles dans l'aide
Modification : l'exécution par plan est désormais activée par défaut
Correction : traitement des résultats pour les points temporels autres que le premier (en combinaison avec les filtres de voxels)
Correction : normalisation des données avec biais dans la valeur minimale de l'intensité
Correction : autres petites corrections concernant le segmenteur Cellpose

Importation :

Amélioration : importation des noms de canaux pour les données XDCE
Correction : problèmes d'importation pour certaines séries temporelles ND2

Généralités :

Amélioration : licence gratuite utilisée plus rapidement après avoir quitté l'application
Neurosphères détectées à l'aide d'un modèle guidé par IA de cellpose pré-entraîné.

Neurosphères détectées à l'aide d'un modèle guidé par IA de cellpose pré-entraîné.

Neurosphères détectées à l'aide d'un modèle guidé par IA de cellpose pré-entraîné.

Récapitulatif des modifications de la version arivis Vision4D 4.1.1
du 25 juillet 2023

Nouveautés et à noter :

Segmenteur Cellpose - importer directement des modèles Cellpose pré-entraînés pour une segmentation facile et rapide dans le pipeline d'analyse

Analyse :

Nouveauté : opération d'analyse native du segmenteur Cellpose (pas besoin de Python)
Nouveauté : exporter un modèle créé avec le Deep Learning Trainer en tant que CZANN
Amélioration : apprentissage profond - meilleure compatibilité avec les modèles N2V de ZEISS ZEN
Amélioration : l'option Allow Holes est activée par défaut pour le segmenteur à apprentissage profond
Amélioration : meilleure validation des conflits lorsque les entraînements d'apprentissage profond sont renommés
Correction : rare cas où les positions des pistes après l'analyse à l'échelle sont incorrectes
Correction : référence de segment potentiellement erronée pour le corps de la cellule dans une trace

4D Viewer :

Amélioration : le zoom automatique lors d'un double clic sur un objet est plus simple à utiliser dans 4D Viewer
Correction : parfois, les traces (dans le style d'affichage des cônes) ne pouvaient pas être sélectionnées dans 4D Viewer

Généralités :

Nouveauté : fournir une description et un téléchargement hors ligne pour les composants en option dans le programme d'installation
Correction : amélioration de la compatibilité pour l'importation DeltaVision DV
Correction : What's New s'ouvre de manière plus fiable après une mise à jour
Correction : le programme d'installation vérifie qu'aucun fichier des anciennes versions Vision4D ne subsiste dans le dossier d'installation
Petites corrections et améliorations supplémentaires dans la bibliothèque arivis_dl
Opération d'entraînement pour l'apprentissage profond

Opération d'entraînement pour l'apprentissage profond

Opération d'entraînement pour l'apprentissage profond

Récapitulatif des modifications de la version arivis Vision4D 4.1
du 27 novembre 2023

Nouveautés et à noter :

Nouveau module optionnel : arivis AI toolkit offre un flux de tâches complet d'apprentissage profond directement dans Vision4D - annotation, entraînement et inférence
Diverses améliorations dans le flux de tâches de traçage
Wellplate Editor permet d'attribuer manuellement des ensembles d'images aux puits ou aux champs d'un puits

arivis AI toolkit :

Nouveauté : module optionnel arivis AI toolkit
Nouveauté : panneau Deep Learning Trainer pour configurer et entraîner un modèle d'apprentissage profond
Nouveauté : utiliser Draw Tool pour dessiner des segments afin d'annoter les régions pour les classes
Nouveauté : utilisation d'annotations éparses pour éviter d'avoir à dessiner sur chaque pixel
Nouveauté : les objets dessinés sont triés par ordre de classe - les pixels sont attribués à l'objet le plus élevé (inutile de couper les chevauchements)
Nouveauté : ajouter et réutiliser des segments existants pour la définition de classe
Nouveauté : regroupement automatique basé sur un arrière-plan annoté
Nouveauté : exécuter et contrôler le processus d'entraînement d'apprentissage profond directement à partir de Vision4D
Nouveauté : ouvrir directement le modèle d'apprentissage profond entraîné dans le pipeline d'analyse pour inférence
Nouveauté : exporter le modèle d'apprentissage profond entraîné en tant que ONNX
Nouveauté : pack d'installation supplémentaire pour configurer un environnement d'apprentissage profond Python complet
Outils :

Nouveauté : Draw Tool dispose d'un menu contextuel et d'une meilleure prise en charge des raccourcis clavier
Nouveauté : Draw Tool reconnaît le panneau d'entraînement de l'apprentissage profond
Nouveauté : Draw Tool permet de changer de classe pour dessiner par raccourci ou par menu contextuel (en mode DL Trainer)
Amélioration : Trace Tool - se connecter à un segment de corps cellulaire
Amélioration : Trace Tool - branche optimisée de suppression
Amélioration : les messages « unable to connect » (connexion impossible) dans le Trace Tool sont plus faciles à comprendre

Analyse :

Nouveauté : « Neuron Tracer » (de la catégorie Segmentation) a été renommé « Neurite Tracer »
Nouveauté : « Neuron Tracer (from Cell Body) » a été renommé « Neuron Tracer »
Nouveauté : la prévisualisation du Neuron Tracer présente toutes les parties dans une même couleur
Nouveauté : La prévisualisation Neuron Tracer affiche les parties filtrées en léger dégradé (au lieu de les masquer complètement)
Amélioration : les libellés des paramètres dans Neuron Tracer sont plus précis
Amélioration : valeur seuil par défaut et avertissements de seuil dans Neuron Tracer
Amélioration : infobulles dans Neuron Tracer
Correction : si l'opération de traçage fournit un grand nombre de résultats, il se peut que les dernières pistes n'aient pas été affichées
Correction : éviter la création de traces (presque) vides dans Neuron Tracer
Correction : s'assurer qu'une étiquette de progression de la prévisualisation s'affiche toujours immédiatement

Visualisation :

Nouveauté : l'affichage des points de départ peut être désactivé pour les traces
Amélioration : optimisation de la génération de cônes pour les traces dans 4D Viewer
Amélioration : retour à une visualisation basée sur les lignes si les cônes pour les traces excèdent la capacité de mémoire
Amélioration : rappel de la dernière valeur de projection Z utilisée pour la visualisation de la trace en 2D
Correction : problème mineur avec la projection RVB dans 4D Viewer

Exploitation des données :

Nouveauté : Wellplate Editor permet d'attribuer manuellement des ensembles d'images aux puits ou aux champs d'un puits
Nouveauté : affectation semi-automatique d'ensembles d'images à des positions de puits ou de champs à partir du nom de l'ensemble d'images (dans Wellplate Editor)
Nouveauté : scénario d'importation supplémentaire permettant d'importer des puits en tant qu'ensembles d'images et d'ouvrir ensuite Wellplate Editor (pour l'affectation manuelle)
Correction : certaines données LaVision ne pouvaient pas être importées correctement pour TileSorter
Correction : problèmes avec certains CZI si importés pour TileSorter

Généralités :

Nouveauté : Service d'analyse prédictive à installer en option
Nouveauté : connecteur de service gRPC
Nouveauté : ZenBridge peut fonctionner avec le connecteur de service gRPC (en option)
Amélioration : le pilote Sentinel inclus et HASP Lib ont été mis à jour à la version 8.5
Correction : ordre de tri dans le sélecteur de champ du navigateur (pour les données de plaque microtitre)
Correction : rare blocage de la boîte de dialogue « Transform Surface »
Corrections et améliorations mineures supplémentaires

Abberior Inspector (.obf, .msr)
AmiraMesh (*.am)
Aperio SVS (*.svs)
arivis Single Image Stack 3 (*.sis)
Format de fichier BigDataViewer (*.xml)
CompuServe GIF (*.gif, *.giff)
Fichier image DeltaVision (*.dv)
DICOM Directory (*.dicomdir, *.DICOMDIR)
Images DICOM (*.dcm)
Fiji/ImageJ-TIFF (*.tif, *.tiff)
GE InCell (*.xdce)
Format de fichier Hamamatsu similaire à tiff (*.ndpi)
High Dynamic Range Image (*.hdr)
Format de fichier ICS 1.0/2.0 (*.ics, *.ibs)
Imaris IMS (*.ims)
Inspector (*.obf/*.msr)

JPEG/JFIF (*.jpg, *.jpeg, *.jif, *.jfif, *.j, *.jpe)
JPEG-2000 (*.jp2, *.j2k, *.j2c)
Format de fichier image Leica (*.lei,*.lif)
Images Luxendo (enregistrées en BigDataViewer *.xml)
Metamorph STK (*.stk)
Format de fichier Mirax SliceAC (*.mrxs)
Molecular Devices (GE IN Carta)
Format de fichier image Neuroimaging Informatics Technology Initiative (*.hdr, *.nii, *.nii.gz)
Fichiers Nikon ND2 (*.nd2)
Format de fichier Olympus (*.oir, *.oib, *.oif)
Gestionnaire de médias Olympus (*.vsi)
OME-TIFF (*.tif, *.tiff)
OME-TIFF/FEI (*.tif, *.tiff)
OME-TIFF/LaVision (*.tif, *.tiff)
Perking Elmer PE (format PE standard, métadonnées Columbus .qptiff)

Portable Network Graphics (*.png)
Gestionnaire de médias Slidebook (.sld)
TIFF Tagged Image (*.tif, *.tim, *.tiff)
Formats de fichier TillVision (*.rbinf, *.ini)
Format de fichier image TrakEM2 (trakem2.xml, *.xml)
Gestionnaire de médias VGI/VOL
VG Studio Max (*.vgl)
Gestionnaire de médias VG Studio Images VOL (*.vol, *.vgi)
Format de fichier Virtual Microscopy Specimen (*.vms, *.vmu)
Windows Bitmap (*.bmp, *.rle, *.vga, *.rl4, *.rl8, *.sys)
Zeiss Axiovision ZVI (*.zvi)
Zeiss CZI/ZISRAW (*.czi, *.zisraw)
Zeiss LSM-tiff (*.lsm)
Yokogawa CV (*.mlf)
Yokogawa CPf (*.mmd)
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Téléchargements

ZEISS arivis product family information

ZEISS arivis software solutions for advanced image analysis

6 MB

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ZEISS arivis

Software Maintenance Agreement Enhanced Image Analysis Productivity

787 KB

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ZEISS arivis Pro

Powerful, flexible software solution for demanding image analysis and visualization tasks

4 MB

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ZEISS Solutions for Semiconductor Development, Manufacturing, and Analysis

Accelerating Digital Transformation and Innovation for Semiconductor Electronics

13 MB

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Data Mining of Electron Microscopy Images

Image Analysis Workflow for ZEISS arivis Hub & Pro

1 MB

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Overcoming 3D Visualization Artifacts in Deep Learning-Based Bioimage Analysis

1 MB

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Selected Life Science Research Studies with ZEISS arivis Pro

1 MB

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