ZEISS arivis による画像解析

ZEN (ZEISS Efficient Navigation)は、顕微鏡の操作・画像取得を中心に、画像の処理、可視化、解析までを支援するソフトウェアツールです。

一方、arivis は大容量・多次元画像の高度な解析とその自動化・拡張に重点を置いた製品で、これらは目的に応じて連携・使い分けることができます。たとえば、ZEN で画像を取得し、arivis Pro で詳細な解析を行う運用や、arivis Cloud で作成したAIモデルを ZEN や arivis Pro のワークフローで活用することができます。 

arivis では次のファイル形式を取り扱うことができます。画像を扱うため顕微鏡には依存しません。

•  arivis Single Image Stack 3 (*.sis)
• Abberior Inspector (.obf, .msr)
• AmiraMesh (*.am)
• Aperio SVS (*.svs)
• BigDataViewer file format (*.xml)
• CompuServe GIF (*.gif *.giff)
• DeltaVision image file (*.dv)
• DICOM Directory (*.dicomdir *.DICOMDIR)
• DICOM Image (*.dcm)
• Fiji/ImageJ-TIFF (*.tif、*.tiff)
• GE InCell (*.xdce)
• Hamamatsu tiff-like file format (*.ndpi)
• High Dynamic Range Image (*.hdr)
• ICS 1.0/2.0 file format (*.ics *.ibs)
• Imaris IMS (*.ims), Inspector (*.obf *.msr)
• JPEG/JFIF (*.jpg *.jpeg *.jif *.jfif *.j *.jpe)
• JPEG-2000 (*.jp2 *.j2k *.j2c)
• Leica Image File Format (*.lei *.lif)
• Luxendo (BigDataViewer *.xmlとして保存)
• Metamorph STK (*.stk)
• Mirax SliceAC (*.mrxs)
• Molecular Devices (GE IN Carta)
• Neuroimaging Informatics Technology Initiative (*.hdr *.nii *.nii.gz)
• Nikon ND2ファイル (*.nd2)
• Olympusファイル形式 (*.oir *.oib *.oif)
• Olympus Media Handler (*.vsi)
• OME-TIFF (*.tif *.tiff)
• OME-TIFF/FEI (*.tif *.tiff)
• OME-TIFF/LaVision (*.tif *.tiff)
• Perking Elmer PE (標準PE形式 .qptiff Columbusメタデータ)
• Portable Network Graphics (*.png)
• Slidebook (.sld) Media Handler
• TIFF Tagged Image (*.tif *.tim *.tiff)
• TillVision (*.rbinf *.ini)
• TrakEM2 Image (trakem2.xml *.xml)
• VGI/VOL Media Handler
• VG Studio Max (*.vgl)
• VG Studio Images VOL Media Handler (*.vol *.vgi)
• Virtual Microscopy Specimen (*.vms *.vmu)
• Windows Bitmap (*.bmp *.rle *.vga *.rl4 *.rl8 *.sys)
• Zeiss Axiovision ZVI (*.zvi)
• Zeiss CZI/ZISRAW (*.czi *.zisraw)
• Zeiss LSM-tiff (*.lsm)
• Yokogawa CV (*.mlf)
• Yokogawa CPf (*.mmd)

SIS 形式は、arivis で大容量画像を効率よく扱うための形式です。ZEISS ZEN で扱う CZI 形式は、撮影データを保持・受け渡すためのファイル形式で、ZEN と arivis であれば、画像データの連携がスムーズに実現します。

通常、その他画像形式はarivis にインポートする際に SIS形式に変換されますが、大量画像データを取り扱う場合、SIS コンバータツール を使用することで一括で変換可能です。 

arivis Pro は画像全体を RAMに読み込まずに、大容量データをタイル処理・一時ストレージ活用で扱い、データセット全体が RAM に収まらなくても処理できる設計となっています。ただし、快適性や処理時間はPC構成と解析内容に左右されます。一度無料トライアルにてお試しください。

AI は解析モデルの動作や独自モデルの作成に対して影響を与えます。そのため、顕微鏡画像自体に対する操作は行いません。arivis における AI は、生成 AI などの画像自体を操作するものではありません。

ZEISS には、研究機関向けZEISSソフトウェアライセンスがあります。これはサブスクリプション型モデルで、複数の個別ライセンスを管理する複雑さを伴うことなく、包括的な画像解析機能を活用できます。また、産業用途ではない学術機関向けにも特別プランがございます。各プランの詳細についてはお問い合わせください

ZEISS は、学生向けの無料プランを提供しています。対象は arivis Cloud で、学生向け無料アカウントの有効期限は1年間となります。これは、有効な学生証で延長可能で、博士課程の研究者も対象です。詳細については、下記よりご確認いただけます。