CZI

ZEISSのZENソフトウェアおよび顕微鏡イメージングワークステーションは、64ビットのMicrosoft Windowsプラットフォームで作動するよう設計されています。Mac OS XやLinuxなどの他のオペレーティングシステムをサポートするため、ZEISSは相互運用性に関するドキュメントを提供するとともに、パートナープロジェクト・企業との協力関係を確立しています。

ZENソフトウェアとZEISS顕微鏡システムで作成した画像は、完全に記録されたCZIファイル形式で保存されます。この形式で作成されたデータをWindows以外のプラットフォーム上で閲覧および処理したい場合は、ImageJおよびImageJ-based Fijiソフトウェアパッケージのプロジェクトホームページをご覧いただくことをお勧めします。Mac OS XやいくつかのLinux製品の他に、解析/処理用の様々なプラグインについて、これらのオープンソースイメージングプログラムの事前にコンパイルされたインストールファイルをご利用いただけます。CZI画像およびメタデータのインポートは、Open Microscopy EnvironmentのBio-Formatsプラグインでサポートされます。

ZEISS Microscopyは、これらのアプリケーションのユーザーレベルのサポートには対応していないことをご了承ください。その代わりとして、ZEISSは開発者レベルのアクセス、ドキュメンテーション、一部の顕微鏡製品のSDKでオープンソフトウェアプロジェクトとコミュニティをサポートしています。

• libCZI - オープンソースのクロスプラットフォーム用C++ライブラリ、CZI用イメージドキュメントの読取り・書込み用
• pylibCZIrw - シンプルで使いやすいPythonのlibCZI用ラッパー、CZIイメージドキュメントの読取り・書込み用
• ZeissImgLib - 最新の.NETライブラリ、.NETアプリケーションにおけるCZIイメージドキュメントの読取り・書込み用

CZICompress
オープンソースのクロスプラットフォーム用コマンドラインインターフェース（CLI）ツール、ZSTD圧縮したCZIドキュメントに変換することで既存のCZIドキュメントのサイズを圧縮できます。

CZIShrink
CZICompressのためのオープンソースのクロスプラットフォーム用GUI

CZICheck
オープンソースのクロスプラットフォーム用コマンドラインインターフェース（CLI）アプリケーションで、CZIドキュメントの完全性と構造的正当性を評価できます。

CZI画像ファイル形式は、顕微鏡のイメージングに必要な要件を満たすためにZEISSが特別に開発したものです。画像処理ソフトZENイメージングソフトウェアは、タイムラプス、Zスタック、マルチポジション実験、バーチャルスライドなどの多次元画像をこの形式で保存します。CZIは、イメージングデータとすべての関連メタ情報を1つのコンパクトなファイルにまとめます。

CZI形式はすでに多くのプロジェクトや企業に採用され、様々なアプリケーションで使用されています：

• OME Bio-Formats/OMERO、Fiji & ImageJ、Python、CellProfiler、QuPath、Icy、Orbitなど
• arivis Pro、arivis AI、arivis Cloud、arivis Hub
• KNIME、MATLAB、Visiopharm、Imaris、Da-Cons、Halo
• HS-Analysis、MicrBrightfeld、Indica Labs、Image Pro、Amira
• Definiens、microDimensions、digitallabware、TissueGnostics
  

この情報はいつでも利用可能なため、何年後でも全く同じ条件でイメージングを常に再現可能です。同僚に画像を共有する必要がある場合は、無料のZEN liteソフトウェアを使って、CZI形式で画像の閲覧および処理をすることができます。

他のソフトウェアプログラムを用いてCZI画像を処理および解析したい場合は、その方法が記載されたCZIファイル形式に関する社内ドキュメントをご提供いたします。 

当社のフォーマットやAPIの商用を検討される場合は、お問い合わせください。