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Desktopmonitor mit einem Bildschirm aus der ZEISS arivis Pro Software mit Analyseergebnissen zu Kernporenkomplexen aus FIB-REM-Volumen-Elektromikroskopiedaten.
Software

ZEISS arivis Pro

Ihre Lösung für hochmoderne Bildanalyse und Visualisierung

Mit unseren leistungsstarken Bildanalyse- und Visualisierungswerkzeugen maximieren Sie das Potenzial Ihrer Bilder. Erstellen Sie in nur wenigen Klicks nahtlose Analyse-Pipelines und verarbeiten Sie umfangreiche Datensätze mühelos. „Tauchen Sie ein in Ihre Probe“ mit unserem VR Toolkit und eröffnen Sie sich eine neue Perspektive.

  • Click-&-Play-Lösung für routinemäßige oder individuell angepasste Workflows
  • Flexible Pipelines mit einer Kombination aus verschiedenen Operatoren
  • Kompatibel mit mehreren Bilddateiformaten
  • Beschleunigen Sie Ihre Forschung mit KI ganz ohne Programmierkenntnisse
  • Visualisierung großer Datenmengen mit GPU-basierter 3D-Engine
Eine Wissenschaftlerin in einem Mikroskopielabor betrachtet einen Desktopmonitor, auf dem ein Bildschirm aus der ZEISS arivis Pro Software mit Analyseergebnissen zu Kernporenkomplexen aus FIB-REM-Volumen-Elektromikroskopiedaten angezeigt wird. Im Hintergrund sind zwei weitere Wissenschaftler zu sehen.

Flexible durchgängige Bildanalyse-Pipelines

Mit ZEISS arivis Pro automatisieren Sie die Bildanalyse- und Visualisierungs-Pipelines. Sie erstellen mühelos Pipelines für alle Bildgrößen, Dimensionen oder Modalitäten mithilfe von herkömmlichen Methoden oder mit KI-Modellen – ganz ohne Programmierung.

Die Software unterstützt und verarbeitet mehr als 30 gängige Dateiformate. Verarbeiten Sie große Dateien effizient und einfach. Vorkonfigurierte Pipelines und Standard-Assays stehen sowohl für einfache als auch für anspruchsvolle Analyseaufgaben bereit. Oder passen Sie die Pipelines an Ihre speziellen Ziele an.

Mit nur einem Klick wiederholen Sie Ihre Analyse für konsistente, quantitative Ergebnisse. Steigern Sie die Produktivität und sorgen Sie für reproduzierbare Ergebnisse.

Demo anfordern
Subzelluläre Analyse basierend auf einem KI-Modell eines FIB-REM-Bilds

Subzelluläre Analyse basierend auf einem KI-Modell eines FIB-REM-Bilds

Subzelluläre Analyse basierend auf einem KI-Modell eines FIB-REM-Bilds
Mit freundlicher Genehmigung von Anna Steyer und Yannick Schwab, EMBL.
Mit freundlicher Genehmigung von Anna Steyer und Yannick Schwab, EMBL.

Erweiterte 3D-Analyse

Beschleunigen Sie Ihre Ergebnisse mit KI – selbst bei komplexen Aufgaben. Annotieren Sie Schnitte im Z-Stapel, um Ihre Modellsegmentierung und -klassifizierung zu trainieren und dann auf den gesamten Datensatz anzuwenden. Verwenden Sie Machine-Learning- und Deep-Learning-Operatoren lokal oder trainieren Sie Modelle in der Cloud und importieren Sie diese dann als Herzstück für Ihre automatisierte Pipeline. Visualisieren Sie Ergebnisse in 3D und erstellen Sie Videos für einen hochwertigen Analysebericht in wenigen Mausklicks.

3D-Organoidanalyse

3D-Organoidanalyse

3D-Organoidanalyse
Probe mit freundlicher Genehmigung von Lutholf Lab, Imaging von Frank Vogler im ZEISS Customer Center.

High-Content-Analyse

Die Wirkstofffindung bei komplexen Erkrankungen erfordert fortschrittliche Bildanalysemethoden wie das Screening gegen eine breitere Darstellung des Zell- oder Gewebephänotyps, skalierbar von 2D bis 4D. Trainieren Sie ein KI-Modell mit der ZEISS arivis Software in der Cloud oder lokal und automatisieren Sie die Bildanalyse, um Zeit zu sparen, menschliche Fehler zu reduzieren und konsistente Ergebnisse zu erzielen.

Tracking mit ZEISS arivis Pro VR

Tracking mit ZEISS arivis Pro VR

Tracking mit ZEISS arivis Pro VR

Tracking und Linien

Quantifizieren Sie Zellteilungs- und Migrationsphänotypen und verfolgen Sie Änderungen in 2D- und 3D-Bildsätzen jeder Größe. Kontrollieren Sie automatisch erzeugte Tracks präzise mit ZEISS arivis Pro VR in einer immersiven VR-Umgebung. Wenden Sie Ihre Pipeline mühelos auf weitere Datensätze an.

Automatisiertes 3D-Neuronen-Tracing von neuronalem Gewebe (Mäusehirn).

Automatisiertes 3D-Neuronen-Tracing von neuronalem Gewebe (Mäusehirn).

Automatisiertes 3D-Neuronen-Tracing von neuronalem Gewebe (Mäusehirn). Mit freundlicher Genehmigung von Dr. Steffen Burgold, ZEISS RMS Customer Center Oberkochen, Deutschland.
Mit freundlicher Genehmigung von Dr. Steffen Burgold, ZEISS RMS Customer Center Oberkochen, Deutschland.
Mit freundlicher Genehmigung von Dr. Steffen Burgold, ZEISS RMS Customer Center Oberkochen, Deutschland.

Neurobiologie

Stellen Sie bahnbrechende Neuronen-Tracing-Algorithmen für automatische, wiederholbare Analysen diverser Bilder mit einem einzigen Klick bereit. Quantifizieren Sie Neuronen, Glia-/Mikrogliazellen, Axone und vieles mehr, selbst bei niedrigem Signal-Rausch-Verhältnis (SNR). Bearbeiten Sie Traces schnell und einfach mit unseren halbautomatischen VR-Tools und interaktiven Werkzeugen. Analysieren Sie Daten aus früheren Experimenten, unabhängig vom Bildformat.

Tintenfischprobe, visualisiert und angezeigt in einer VR-Umgebung mit Sprachsteuerung.
Tintenfischprobe, visualisiert und angezeigt in einer VR-Umgebung mit Sprachsteuerung.

ZEISS arivis Pro VR Toolkit

Erhalten Sie eine neue Perspektive Ihrer Probe in einer immersiven Virtual-Reality-Darstellung. Ohne Verbindung zu Tastatur und Maus können Sie Ihre digitalen Bilddaten direkt bewegen, drehen, skalieren und formen. Erleben Sie eine tiefgehende Wahrnehmung, die den realen Bedingungen entspricht.

  • Untersuchen Sie Ihre Probe in 3D
  • Betrachten Sie Details aus verschiedenen Winkeln
  • Führen Sie eine Live-Überprüfung der Probe und der Ergebnisse zusammen mit Kollegen durch
  • Einfache Sprach- und Handsteuerung
  • Effektive, interaktive Kontrolle und Bearbeitung automatischer Analyseergebnisse.
Über 30 Bilddateiformate konvertieren

Über 30 Bilddateiformate konvertieren

Ganz gleich, mit welchem Gerät ein Bild erstellt wurde, und unabhängig vom Format und der Dateigröße: Der ZEISS arivis SIS Converter konvertiert Bilddateien mühelos in unser SIS-Format (Scalable Image Storage) für die schnelle und interaktive Untersuchung mit ZEISS arivis Pro, arivis Pro VR und arivis Hub. Sie sparen viel Zeit und behalten gleichzeitig alle Daten für eine eingehendere Analyse.

  • Unterstützt die Dateikonvertierung von über 30 Formaten
  • Warteschlange für mehrere Import- und Konvertierungsaufgaben
  • Unbeaufsichtigte Stapelkonvertierung
  • Anwenderfreundliche Benutzeroberfläche für die Verwaltung der Dateikonvertierungsaufgaben
  • Nicht nur Mikroskopiebilder (z. B. CT, MRT)

Highlights der neuesten arivis Pro Version

So können Sie von den neuesten Funktionen der aktuellen ZEISS arivis Pro Version profitieren.

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    ZEISS arivis Software stellt die individuelle Anpassung für Anwender in den Mittelpunkt der Mikroskopiebildanalyse

    ZEISS arivis Pro 4.2 bietet Anwendern die Freiheit, die optimale Bildanalysemethode für ihre speziellen Anforderungen auszuwählen.

    Die neue Version bietet erweiterte KI-gestützte Werkzeuge, 3D-Analysefunktionen und die Verarbeitung großer Datensätze. Die Software ermöglicht eine beispiellose Flexibilität bei der Anpassung von Workflows in der Mikroskopiebildanalyse an Forschungsfragen.

    In diesem kurzen Video erfahren Sie mehr über die neuesten Funktionen.

    Drip Cellpose

    Drip Cellpose

    Drip Cellpose

    Umfang

    Neu und bemerkenswert:

    • Optimiertes Meshing und Rendering für unbegrenzt viele Objekte im 4D-Viewer 
    • Instanzsegmentierung (objektbasierte Segmentierung) durch Deep-Learning-Modelle, die in ZEISS arivis Cloud trainiert werden
    • Segmentierung von Zellen und Zellkernen in Mikroskopiebildern mithilfe des Cellpose-Modells 
    • Die hochpräzise Vorschau in der Analyse-Pipeline kann 3D-Daten verarbeiten und damit eine noch aussagekräftigere Vorschau liefern 
    • Die Analyse kann bei der Objekterstellung (z. B. im Neuron Tracer) direkt eine Vorschau im 4D-Viewer anzeigen 
    • Machine Learning kann die verwendeten Funktionen automatisch optimieren (zur Verbesserung der Leistungsfähigkeit) 
    • Verbesserte Verarbeitung bei großen Mengen an Objekten in der Objekttabelle 
    • Das Rebranding ist abgeschlossen: Die Software heißt nun „ZEISS arivis Pro“
  • Probe von Arabidopsis thaliana in der Kryo-Volumen-Elektronenmikroskopie (Kryo-vEM), bereitgestellt von York-Dieter Stierhof, Universität Tübingen.

    Zusammenfassung der Änderungen in arivis Vision4D 4.1.2, freigegeben am 16. November 2023

    Cellpose-Segmentierung:

    • Verbesserung: bessere Speicherprüfungen zur Vermeidung interner Fehler
    • Verbesserung: klarere Fehlermeldungen und Warnungen
    • Verbesserung: bessere Beschreibung der verfügbaren vortrainierten Modelle in der Hilfe
    • Änderung: ebenenweise Verarbeitung ist nun standardmäßig aktiviert
    • Korrektur: Verarbeitung von Ergebnissen, die nicht für den ersten Zeitpunkt gelten, sondern für andere Zeitpunkte (in Kombination mit Voxelfiltern)
    • Korrektur: Normalisierung von Daten mit Fehlern im minimalen Intensitätswert
    • Korrektur: sonstige kleine Korrekturen für die Cellpose-Segmentierung

    Import:

    • Verbesserung: Import von Kanalnamen für XDCE-Daten
    • Korrektur: Importprobleme bei einigen ND2-Zeitreihen

    Allgemeines:

    • Verbesserung: schnellere Freigabe einer verbrauchten Lizenz nach dem Beenden der Anwendung
  • Neurosphären, erfasst mit einem vortrainierten Cellpose-KI-Modell.

    Neurosphären, erfasst mit einem vortrainierten Cellpose-KI-Modell.

    Neurosphären, erfasst mit einem vortrainierten Cellpose-KI-Modell.

    Neurosphären, erfasst mit einem vortrainierten Cellpose-KI-Modell.

    Neurosphären, erfasst mit einem vortrainierten Cellpose-KI-Modell.

    Zusammenfassung der Änderungen in arivis Vision4D 4.1.1
    Freigegeben am 25. Juli 2023

    Neu und bemerkenswert:

    • Cellpose-Segmentierung: direkter Import von vortrainierten Cellpose-Modellen für die einfache und schnelle Segmentierung in der Analyse-Pipeline

    Analyse:

    • Neu: nativer Cellpose-Segmentierungsanalysevorgang (Python nicht erforderlich)
    • Neu: Export eines erstellten Modells aus dem Deep-Learning-Trainer als CZANN
    • Verbesserung: Deep-Learning – bessere Kompatibilität mit N2V-Modellen von ZEISS ZEN
    • Verbesserung: Option „Allow Holes“ ist für die DL-Segmentierung standardmäßig aktiviert
    • Verbesserung: bessere Konfliktvalidierung beim Umbenennen von DL-Trainings
    • Korrektur: seltene Fälle, in denen die Position von Tracks nach der skalierten Analyse inkorrekt ist
    • Korrektur: potenziell falsche Segmentreferenz für Zellkörper in einem Trace

    4D-Viewer:

    • Verbesserung: automatischer Zoom beim Doppelklicken auf ein Objekt ist im 4D-Viewer besser nutzbar
    • Korrektur: bisweilen waren Traces (kegelförmige Darstellung) im 4D-Viewer nicht auswählbar

    Allgemeines:

    • Neu: Bereitstellung einer Beschreibung und eines Offline-Downloads für optionale Komponenten im Installationsprogramm
    • Korrektur: verbesserte Kompatibilität für DeltaVision-DV-Import
    • Korrektur: „What’s New“ wird nach einer Aktualisierung zuverlässiger geöffnet
    • Korrektur: das Installationsprogramm sorgt dafür, dass keine Dateien aus früheren Vision4D-Versionen im Installationsordner verbleiben
    • Zusätzliche kleine Korrekturen und Verbesserungen in der arivis_dl-Bibliothek
  • DL-Trainingsvorgang

    DL-Trainingsvorgang

    DL-Trainingsvorgang

    DL-Trainingsvorgang

    DL-Trainingsvorgang

    Zusammenfassung der Änderungen in arivis Vision4D 4.1
    Freigegeben am 27. März 2023

    Neu und bemerkenswert:

    • Neues optionales Modul: arivis AI toolkit bietet einen kompletten Deep-Learning-Workflow direkt in Vision4D – Annotation, Training und Inferenz
    • Verschiedene Verbesserungen im Tracing-Workflow
    • Wellplate Editor für die manuelle Zuweisung von Bildsätzen zu Wells oder zu Feldern in einem Well

    arivis AI toolkit:

    • Neu: Optionales Modul arivis AI toolkit
    • Neu: Deep-Learning-Trainer-Bereich zum Einrichten und Trainieren eines DL-Modells
    • Neu: Segmente mit dem Draw Tool zeichnen, um Bereiche für Klassen zu annotieren
    • Neu: Einsatz rudimentärer Annotationen, damit nicht auf jedem Bildpunkt gezeichnet werden muss
    • Neu: gezeichnete Objekte werden nach Klassen sortiert – Bildpunkte werden der obersten Klasse zugewiesen (Überlappungen müssen nicht mehr ausgeschnitten werden)
    • Neu: vorhandene Segmente für die Klassendefinition hinzufügen und wiederverwenden
    • Neu: automatische Clusterbildung auf der Basis des annotierten Hintergrunds möglich
    • Neu: direkt aus Vision4D heraus das DL-Training starten und den Fortschritt überwachen
    • Neu: das trainierte DL-Modell für die Inferenz direkt in der Analyse-Pipeline öffnen
    • Neu: das trainierte DL-Modell als ONNX exportieren
    • Neu: zusätzliches Installationspaket zum Einrichten einer kompletten DL-Python-Umgebung

    Werkzeuge:

    • Neu: Draw Tool hat ein Kontextmenü und bessere Unterstützung für Tastenkombinationen
    • Neu: Draw Tool berücksichtigt den Bereich für das DL-Training
    • Neu: Draw Tool ermöglicht das Ändern der zu zeichnenden Klasse per Tastenkombination oder Kontextmenü (im DL-Trainer-Modus)
    • Verbesserung: Trace Tool – Verbindung mit einem Zellkörpersegment
    • Verbesserung: Trace Tool – optimiertes Entfernen von Verzweigungen
    • Verbesserung: Meldungen über fehlgeschlagene Verbindungen („unable to connect“) im Trace Tool sind besser verständlich

    Analyse:

    • Neu: „Neuron Tracer“ (in der Kategorie „Segmentierung“) wurde in „Neurite Tracer“ umbenannt
    • Neu: „Neuron Tracer (from Cell Body)“ wurde in „Neuron Tracer“ umbenannt
    • Neu: Neuron Tracer-Vorschau zeigt alle Teile in derselben Farbe
    • Neu: Neuron Tracer-Vorschau zeigt die gefilterten Teile leicht gedimmt (anstatt sie ganz auszublenden)
    • Verbesserung: Parametermarker im Neuron Tracer sind präziser
    • Verbesserung: Standard-Schwellenwert und Schwellenwertwarnungen im Neuron Tracer
    • Verbesserung: Kurzinfos im Neuron Tracer
    • Korrektur: wenn der Tracking-Vorgang zahlreiche Ergebnisse lieferte, wurden bisweilen die letzten Tracks nicht angezeigt
    • Korrektur: die Erstellung von (nahezu) leeren Traces im Neuron Tracer wird verhindert
    • Korrektur: es wird sichergestellt, dass immer sofort ein Vorschau-Fortschrittsmarker angezeigt wird

    Visualisierung:

    • Neu: Anzeige von Ausgangspunkten kann für Traces deaktiviert werden
    • Verbesserung: optimierte Kegelerzeugung für Traces im 4D-Viewer
    • Verbesserung: Rückgriff auf linienbasierte Visualisierung, wenn die Kegel für die Traces die Arbeitsspeicherkapazität überschreiten
    • Verbesserung: Speicherung des zuletzt verwendeten Z-Projektionswerts für die Trace-Visualisierung in 2D
    • Korrektur: kleineres Problem mit der RGB-Projektion im 4D-Viewer

    Datenverarbeitung:

    • Neu: Wellplate Editor für die manuelle Zuweisung von Bildsätzen zu Wells oder zu Feldern in einem Well
    • Neu: halbautomatische Zuweisung von Bildsätzen zu Wells oder Feldpositionen basierend auf dem Namen des Bildsatzes (im Wellplate Editor)
    • Neu: zusätzliches Importszenario, bei dem die Wells als Bildsätze importiert werden und anschließend der Wellplate Editor (für die manuelle Zuweisung) geöffnet wird
    • Korrektur: einige LaVision-Daten konnten nicht korrekt für TileSorter importiert werden
    • Korrektur: Probleme mit einigen CZI-Dateien beim Import für TileSorter

    Allgemeines:

    • Neu: Service „Predictive Analytics“ als optionale Installation
    • Neu: gRPC-Serviceanschluss
    • Neu: ZenBridge kann mit dem gRPC-Serviceanschluss (optional) arbeiten
    • Verbesserung: der inbegriffene Sentinel-Treiber und die HASP-Bibliothek wurden auf Version 8.5 aktualisiert
    • Korrektur: Sortierreihenfolge in der Feldauswahl im Navigator (für Multiwellplatten-Daten)
    • Korrektur: seltener Absturz im Dialogfeld „Transform Surface“
    • Zusätzliche kleinere Korrekturen und Verbesserungen

Unterstützte Bilddateiformate

    • Abberior Imspector (*.obf, *.msr)
    • AmiraMesh (*.am)
    • Aperio SVS (*.svs)
    • arivis Single Image Stack 3 (*.sis)
    • BigDataViewer-Dateiformat (*.xml)
    • CompuServe GIF (*.gif, *.giff)
    • DeltaVision-Bilddatei (*.dv)
    • DICOM-Verzeichnis (*.dicomdir, *.DICOMDIR)
    • DICOM-Bild (*.dcm)
    • Fiji/ImageJ-TIFF (*.tif, *.tiff)
    • GE InCell (*.xdce)
    • Hamamatsu, tiff-ähnliches Dateiformat (*.ndpi)
    • High Dynamic Range-Bild (*.hdr)
    • ICS 1.0/2.0-Dateiformat (*.ics, *.ibs)
    • Imaris IMS (*.ims)
    • Imspector (*.obf/*.msr)
    • JPEG/JFIF (*.jpg, *.jpeg, *.jif, *.jfif, *.j, *.jpe)
    • JPEG-2000 (*.jp2, *.j2k, *.j2c)
    • Leica-Bilddateiformat (*.lei,*.lif)
    • Luxendo-Bilder (als BigDataViewer-XML-Dateien gespeichert)
    • Metamorph STK (*.stk)
    • Mirax SliceAC-Dateiformat (*.mrxs)
    • Molekulare Geräte (GE IN Carta)
    • Neuroimaging Informatics Technology Initiative-Bilddateiformat (*.hdr, *.nii, *.nii.gz)
    • Nikon ND2-Dateien (*.nd2)
    • Olympus-Dateiformat (*.oir, *.oib, *.oif)
    • Olympus Media Handler (*.vsi)
    • OME-TIFF (*.tif, *.tiff)
    • OME-TIFF/FEI (*.tif, *.tiff)
    • OME-TIFF/LaVision (*.tif, *.tiff)
    • Perking Elmer PE (PE-Standardformat, *.qptiff-Columbus-Metadaten)
    • Portable Network Graphics (*.png)
    • Slidebook (*.sld) Media Handler
    • TIFF, getaggtes Bild (*.tif, *.tim, *.tiff)
    • TillVision-Dateiformate (*.rbinf, *.ini)
    • TrakEM2-Bilddateiformat (trakem2.xml, *.xml)
    • VGI/VOL Media Handler
    • VG Studio Max (*.vgl)
    • VG Studio Images VOL Media Handler (*.vol, *.vgi)
    • Virtual Microscopy Specimen-Dateiformat (*.vms, *.vmu)
    • Windows Bitmap (*.bmp, *.rle, *.vga, *.rl4, *.rl8, *.sys)
    • Zeiss Axiovision ZVI (*.zvi)
    • Zeiss CZI/ZISRAW (*.czi, *.zisraw)
    • Zeiss LSM-tiff (*.lsm)
    • Yokogawa CV (*.mlf)
    • Yokogawa CPf (*.mmd)

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    • Vorschaubild von ZEISS arivis product family information

      ZEISS arivis product family information

      ZEISS arivis software solutions for advanced image analysis
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      ZEISS arivis

      Software Maintenance Agreement Enhanced Image Analysis Productivity
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      ZEISS arivis Pro

      Powerful, flexible software solution for demanding image analysis and visualization tasks
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    • Vorschaubild von ZEISS Lösungen für die Entwicklung, Fertigung und Analyse von Halbleitern

      ZEISS Lösungen für die Entwicklung, Fertigung und Analyse von Halbleitern

      Schnellere Digitalisierung und Innovation in der Halbleiterelektronik
      84 MB
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    • Vorschaubild von Data Mining of Electron Microscopy Images

      Data Mining of Electron Microscopy Images

      Image Analysis Workflow for ZEISS arivis Hub & Pro
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    • Vorschaubild von Overcoming 3D Visualization Artifacts in Deep Learning-Based Bioimage Analysis

      Overcoming 3D Visualization Artifacts in Deep Learning-Based Bioimage Analysis

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      Selected Life Science Research Studies with ZEISS arivis Pro

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