ZEN Mikroskopie-Software

Dieser neue Verarbeitungsalgorithmus für Apotome Datensätze liefert eine konfokalähnliche Bildqualität auf Weitfeldmikroskopen:

• Laterale Auflösung bis hinab zu 180 nm 
• Höhere axiale Auflösung
• Besseres Signal-Rausch-Verhältnis (SNR)
• Vollständige Integration in ZEN Direct Processing und Batch Processing Workflows
  

Dieses neue ZEN Erfassungsmodul ermöglicht NLO-FLIM (Nonlinear Optical Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy) auf ZEISS LSM 980 Systemen.

• Kompatibel mit Ein- oder Zweilinien-Anregung
• Ein- oder Zweikanal-Non-descanned-Detektion
  

Dieses Modul erweitert die Möglichkeiten von ZEN lite – der kostenlosen ZEN Version für grundlegende Anforderungen bei Bilderfassung und -analyse – auf die Steuerung von Mikroskopen mit kodierten Komponenten:

• Auslesen, Anzeigen und Anpassen von Konfigurationen für kodierte Mikroskope in ZEN lite
• LED-Lichtquellensteuerung mit ZEN lite
  

Die Lichtquellen für die Fluoreszenzbildgebung der ZEISS Viluma Produktfamilie bieten Ihnen alle Vorteile der modernen LED-Technologie. Durch die Integration der neuen Lichtquellen in ZEN 3.11 können Sie das Potenzial dieser Lichtquellen überall in ZEN und im gesamten ZEISS Portfolio von Weitfeldmikroskopen voll ausschöpfen.

Die ZEN Version 3.11 setzt die Leistungssteigerung bei der Instanzsegmentierung weiter fort:

• Schnellere Ergebnisse in allen Workflows mit Instanzsegmentierung
• Schnellere Schulung
• Schnellerer Modell-Download zwischen ZEISS arivis Cloud und ZEN
  

Nach der Optimierung der Deep-Learning-Trainingsleistung in der Vorgängerversion ermöglicht diese Version nun einen schnelleren Modelleinsatz. Ihre Vorteile:

• Schnellere Ergebnisse bei der Instanzsegmentierung
• Schnellere Rückschlüsse auch im Bildanalyseassistenten, in Bio Apps und in Guided Acquisition Workflows
  

Als Benutzer des Bio Apps-Toolkits können Sie jetzt die Translokation von Molekülen in den Kern analysieren. Die neue Methode bietet folgende Vorteile:

• Einfache Setups in einem Schritt
• Eine gesonderte Ergebnisansicht mit Heatmaps für Multiwellplatten
• Optionale Integration einer erweiterten Deep-Learning-Segmentierung
  

Die Bildverarbeitung mit Lattice SIM wurde als Feature von Direct Processing implementiert. Bei der Nutzung von SIM² Bildverarbeitungsworkflows profitieren Sie von:

• Schnelleren Ergebnissen
• Höheren Rechenressourcen durch parallele Verarbeitung auf einer speziellen Workstation
• Intelligenter Datenkomprimierung für schnellere Dateiübertragung
  

Bei Weitfeldmodalitäten können Benutzer des AI Toolkits jetzt den Deep-Learning-Algorithmus Noise2Void im kontinuierlichen Aufnahmemodus einsetzen. Dies ermöglicht:

• Effiziente Live-Rauschunterdrückung dank erstklassigem Algorithmus
• Probeuntersuchung mit Qualitätsbildern bei schwacher Ausleuchtung
• Weniger Phototoxizität und Photobleaching
  

Umfangreiche Aktualisierungen der Instanzsegmentierung sorgen für eine höhere Qualität der Segmentierungsergebnisse und kürzere Versuchszeiten:

• Erheblich geringerer Zeitaufwand für das Trainieren von Modellen
• Modelle für die Mehrkanal-Instanzsegmentierung in ZEN Image Analysis
  
• Zufällige Objektfärbung zur Visualisierung dichter Objekte
• Remote-Download von Modellen für Systeme mit begrenztem Internetzugang
  

Die schnelle, verlustfreie Komprimierung mit ZSTD ist der neue Standard für die Bildaufnahme mit ZEN:

• Schnelle Datenübertragung und geringere Kosten für die Datenspeicherung dank 2- bis 20-facher Komprimierung der Daten
• Mühelose, stapelweise Komprimierung bestehender Datenarchive mit der kostenlosen, eigenständigen Software-Lösung CZI Shrink
  

Folgende Verbesserungen sind ab dieser Version in Direct Processing verfügbar:

• Auslagerung von AI Denoising und Linear Unmixing (für spektrales Imaging mit LSM) auf eine andere Workstation zur Verringerung der Rechenlast auf Ihrem Erfassungssystem
• Kompatibilität von Direct Processing mit der Mischmodusaufnahme-Funktion von LSM Systemen und Celldiscoverer 7
  

Neue Funktionen als nützliche Ergänzungen des ZEN Connect Toolkits für die korrelative Bildgebung:

• Integration von Dynamics Profiler in die Connect Navigationsumgebung
  
• Erstellung publikationsfähiger Screenshots aus 3D-Daten mehrerer Volumen
  

ZEN noch einfacher Aufstarten
Das Aufstarten von ZEN mit dem passenden Profil wurde weiter vereinfacht. Bisher konfigurierte sich ZEN auf der Grundlage verfügbarer (teilweise komplexer) Lizenzen. Jetzt greift es direkt auf verfügbare MTB ZEN Profile zu, aus denen Sie wählen können.

Größere Datenmengen. Schnellere Verarbeitung.
Datensätze werden immer größer. Somit ist die Verwaltung großer Datenmengen ein zentrales Thema für Mikroskopbenutzer. Mit dieser Version kann die verlustfreie Komprimierung mit ZSTD standardmäßig für die Bildaufnahme eingestellt werden. Das beschleunigt die Datenübertragung und erleichtert die Datenspeicherung. Darüber hinaus wurden die Algorithmen für die Erzeugung von Maximumintensitätsprojektionen, Kachelbild-Stitchings und Bildpyramiden erheblich beschleunigt.

Schnellere und weiter automatisierbare Vorverarbeitung von Bildern
Das Toolset von Direct Processing, dem überaus beliebten Tool zur Vereinfachung des Workflows, wurde ebenfalls erweitert. Ab der ZEN Version 3.8 haben Sie die Möglichkeit, Stitching direkt in Ihre automatisierten Aufnahme-Workflows zu integrieren. Gleichzeitig konnte dank optimierter Algorithmen und der parallelen Verarbeitung die Leistung der Funktion weiter gesteigert werden.

Die Revolution der Bildsegmentierung geht weiter ...
Instanzsegmentierung steht jetzt auch für die Annotation und das Trainieren von Modellen in der arivis AI Cloud zur Verfügung. In der ZEN Umgebung haben Sie über den Bildanalyseassistenten und das Bio Apps Toolkit Zugriff auf diese neue KI-Funktion. Die Instanzsegmentierung ist in der Lage, sogar unmittelbar nebeneinander liegende Objekte präzise voneinander zu trennen, ohne dafür auf fehleranfällige und leistungsbeschränkte Wasserscheidenalgorithmen zurückgreifen zu müssen.

Höhere Benutzerflexibilität und bessere Nutzung der Workstation-Ressourcen
Die neuen Floating-Lizenzen für ZEN erweitern mit den zugehörigen Toolkit-Paketen die Nutzungsmodelle in Ihrer Einrichtung. Früher waren ZEN Benutzer an eine ganz bestimmte Workstation gebunden. Heute gibt es diese Einschränkung nicht mehr: So können Sie die Ressourcen in Ihrer Infrastruktur viel flexibler nutzen.

Das volle Potenzial Ihres Imaging-Systems ausschöpfen
Die Bildaufnahmeraten moderner Imaging-Systeme sind teils erheblich höher als die Geschwindigkeit bei der Datenspeicherung. Experimente mit großen Datenmengen werden dadurch ausgebremst. ZEN bietet nunmehr die verlustfreie, schnelle Zstandard-Komprimierung. Das bis zu 20-fache Komprimierungsverhältnis beschleunigt die Datenspeicherung und optimiert die Dateneffizienz. Zstandard ist sowohl in das Direct Processing Modul als auch in ZEISS Lattice Lightsheet 7 Systeme integriert und optional für alle Daten im CZI-Format erhältlich.

Optimierung für Guided Acquisition Workflows
Das Guided Acquisition Modul wurde um neue Funktionen erweitert, mit denen jetzt noch komplexere Smart-Imaging-Workflows möglich sind. Das Modul bietet über den Bildanalyseassistenten eine voll ausgebaute Klassenauswahl und ermöglicht die präzise Anpassung der Detailtiefe für die Aufnahmen.

Offene Modellarchitektur für den leichten Austausch
Deep-Learning-Tools haben mittlerweile einen festen Platz in Bildanalysesoftwares – das ZEISS Software-Portfolio ist da keine Ausnahme. Für den leichten Austausch und die Weiterverwendung von Modellen sind ZEN und Vision4D mit APEER Deep Learning und Drittmodellen kompatibel. So können Sie Ihre bevorzugten Modelle in etablierten Workflows kostenlos anwenden.