ZEISS ZEN - Monitor with ZEN
ソフトウェア

ZEN顕微鏡ソフトウェア

試料観察からデータ取得まで完全に網羅するソリューション

ZENは、ZEISSの全イメージングシステムに搭載されているユニバーサルユーザーインターフェースです。ZENを使用すれば、シンプルなルーチン作業で素早く簡単に結果を得ることができます。複雑な研究実験の場合、ZENの柔軟性を活用して多次元的なワークフローを思い通りに設計することができます。どんな顕微鏡タスクでも、直感的に操作できるツールやモジュールがあなたをサポートします。

  • スマートな自動機能で画像を取得
  • 科学的に証明されたアルゴリズムで画像を処理
  • GPUを用いた3Dエンジンでビッグデータを可視化
  • 機械学習ベースのツールにより画像を解析
  • 光学顕微鏡と電子顕微鏡を相関
ZEISS ZEN - Smart Aquisition

Smart Acquisition

極めて複雑な実験も成功へと導く

ZEISS ZENでは、すべてのデバイスを、ひとつの便利なインターフェースで操作できます。インテリジェントコントロールセンターであるSmart Setupが、顕微鏡の種類を問わず設定値を自動で決定します。再現性の高い実験をお求めの場合もお任せください。過去に取得した生画像があれば、クリックするだけでその実験の条件を正確に再現可能できます。その他にも、希少事象の検出をガイドしてくれるものや、ハードウェアのキャリブレーションをサポートしてくれるものなど、数多くの優れた自動化機能が搭載されています。

ZEISS ZEN - 定量的処理

定量的処理

信頼性と再現性のある結果を取得する

180種類以上の画像処理ツールがデータの変換や管理をサポートし、使用したい手法のキーワード(カイモグラフやデコンボリューションなど)を検索するだけで、ZENがその手法へと直接導きます。画像のメタデータをZENに読み込ませることで、論理的な処理ステップのみが表示され、デフォルトのパラメータが自動的に最適化されます。サードパーティ製のインポートツールを用いて、他のプラットフォームから画像を処理することも可能です。専用のワークスペースを使用すれば、複数の画像を一括処理できるため、簡単にバイアスのない定量的結果を得ることができます。

ZEISS ZEN - 強力なビジュアライゼーション

強力なビジュアライゼーション

ビッグデータへの確実な対応を実現

高倍率でマルチチャンネルによる巨大な2Dタイルスキャンを素早く生成し、スマートフォンの地図アプリを使うように、ただマウスをスクロールするだけでスムーズに拡大・縮小できます。透明化処理されたマウス脳の、200 GBのデータもお任せください。ZENで読み込めば、多様な3Dレンダリング手法のスピードと明瞭さに驚くことでしょう。arivis ImageCore技術を搭載したZENのシステムリソースを効率的に使用することで、通常のコンシューマー向けハードウェアでも大容量の3D画像を表示できます。

ZEISS ZEN - 効果的な解析

エフォートレスな解析

研究に関する洞察を効率的に得る

画像解析は、セグメンテーションおよびレジストレーションのデジタルツールを用いて顕微鏡画像から有意義な情報を抽出する際に不可欠です。ZENでは、シンプルなモジュール式Bio Appsがこれに対応します。各Bio Appは、例えば細胞計数やコンフルエント測定など、1種類のアプリケーションに最適化されており、カスタマイズされたセグメンテーション設定や合理化されたデータ表示が可能です。ウィザードベースのZEN Image Analysisモジュールが、ステップバイステップで測定結果の取得をガイドします。

ZEISS ZEN - 独自の相関顕微鏡観察

独自の相関顕微鏡観察

複数のスケールやモダリティにまたがる視点を組み合わせる

ZENは、マルチモーダルデータを重ね合わせてナビゲート後、整理します。神経細胞間のシナプスを探して、その超微細構造の情報を得ることに何日も費やしていませんか?ワイドフィールド蛍光顕微鏡の大きな実視野と電界放出型電子顕微鏡の高分解能を組み合わせることで、効率が格段に向上します。ZENなら蛍光マーカーで切片全体像を素早く把握できるため、EMイメージングで関心領域を特定し再配置することが可能です。

ZEISS ZEN - 安全なストレージ

安全なストレージ

複雑なデータも、常に自信を持って処理

ZENは、一つひとつの貴重な実験をそのメタデータとともに保存します。

.cziファイル形式はBio-Formatsと互換性があるため、ImageJや他の様々なサードパーティ製ソフトウェアで直接読み込むことができます。データをOME-TIFF(オープン顕微鏡環境)にエクスポートすることで、複数のプラットフォームにまたがる画像データのやり取りがさらに簡素化されます。

膨大なデータを管理する場合、ZENはサーバーベースの中央プラットフォームで生データを保存・整理し、ユーザーアクセス権を管理する一方で、ZEN Data Explorerなら、どこからでもブラウザーを用いたアクセスが可能です。

新たなパッケージ構成

ZEISS ZEN - ZENパッケージ構成
ZEISS ZEN - ZENパッケージ構成

* 基本取得パッケージを含む ** デバイス制御/取得機能なし *** 2Dツールキットパッケージが必要 **** スタンドアローンソフトウェアとしての販売

* 基本取得パッケージを含む ** デバイス制御/取得機能なし *** 2Dツールキットパッケージが必要 **** スタンドアローンソフトウェアとしての販売

無限の可能性へのアクセスが容易に

ZENソフトウェアは、あらゆる顕微鏡ユーザーに包括的なエンドツーエンドソリューションを提供します。自動化されたスマートな画像取得、直感的な画像解析およびクラウドベースのデータ管理など、ライフサイエンスのアプリケーションに対応するための機能が加わり、常に進化を続けています。しかしながら、この機能の増加により、ZENのエコシステムも複雑化します。ZENのバージョン3.6では、ソフトウェアの多岐に渡る機能をより利用しやすくするために、簡素化されたオプションが用意されています。多くのZENモジュールは優れた相乗効果を発揮し、特定のタスクのために組み合わせて使われるケースが多々あります。そのため、強力なソフトウェア機能はすべて、お客様の実験に合わせた取得、ツールキット、アプリケーションパッケージのシンプルなセットに統合されます。パッケージは、モジュール単体で購入するよりも価格が大幅に低く設定されているため、より多くの投資価値を得ることができます。

ZENパッケージ

  • 基本
    基本手動式エンコード電動顕微鏡を用いたマルチチャンネル蛍光実験およびタイムラプス実験で基本的な画像取得を実施。

    電動フォーカス
    ソフトウェアオートフォーカス、拡張された焦点深度処理、Direct Processingにより、マルチチャンネル蛍光、タイムラプス、zスタック実験の画像を取得。

    電動
    ソフトウェアオートフォーカス、拡張された焦点深度処理、Direct Processingにより、マルチチャンネル蛍光、タイムラプス、zスタック、タイリング、マルチポジション実験の画像を取得。

    アドバンスド
    ソフトウェアオートフォーカス、拡張された焦点深度処理、Direct Processing、コロカライゼーション解析により、マルチチャンネル蛍光、タイムラプス、zスタック、タイリング、マルチポジション、共焦点HDR実験の画像を取得。

    スマート
    シンプルなユーザーインターフェースで不均質な画像の取得実験を設定し、画像解析またはPythonスクリプトツールを使用して適応性の高い、自動化された取得を実施。

  • 2D
    拡張画像処理機能により、直感的なソフトウェアウィザードに従った自動2D画像解析を実施。

    3D
    拡張画像処理機能により、高度なレンダリングツールを用いて3D/4D画像スタックを視覚化し、直感的なソフトウェアウィザードに従った自動3D画像解析を実施。

    Vision4D
    スタンドアローンVision4Dソフトウェアプラットフォームの柔軟なパイプラインと機械学習ツールによって、サイズ制限なく3D/4Dデータを視覚化および解析。

    AI
    トレーニングAIモデル専用ユーザーインターフェースで使用可能な深層学習アルゴリズムを用いて、画像のセグメンテーション、分類およびノイズ除去を実施。

    Connect
    試料中心のワークスペースと専用のファイル管理システムで、光学および電子顕微鏡などの異なる機器で画像を取得・相関。

    Developer
    Pythonの専用スクリプトエディターで画像取得、処理および解析をカスタマイズして自動化し、記録、デバッグおよびコーディングを実施。

    分子定量化
    FRAP、FRET、レシオイメージングを用いた分子ダイナミクスを、最も確立されたアルゴリズムを用いた専用の解析ワークスペースで取得・解析。 

    デコンボリューション
    マルチCPU/マルチGPUの効率的な処理により、15種類のデコンボリューションアルゴリズムを使用して、2Dおよび3Dデータの分解能を120 nmまで直感的に向上させることが可能。

  • Bio Apps
    AIをベースとしたセグメンテーションとカスタマイズされた結果表示で、すぐに使える細胞計数、細胞密集度計測、スポット検出および遺伝子/タンパク質発現評価を実施。

ZEN最新版リリースの注目ポイント

ZENの最新版リリースで追加された最新機能のメリットをどのように活用できるかご覧ください。

  • Instance Segmentation

    Instance Segmentation

    Instance Segmentationに対し重要なアップデートが行われ、セグメンテーションの質が向上し、結果取得までの時間が短縮されました:

    • モデルトレーニング時間の大幅な削減
    • ZEN画像分析におけるマルチチャンネルのInstance Segmentationモデル
    • 高密度の物体を可視化するランダムオブジェクト彩色
    • インターネットアクセスが制限されているシステムのためのリモートモデルダウンロード
    ロスレス圧縮

    ロスレス圧縮

    Zstdによる高速ロスレス圧縮が、ZENによる画像取得で標準的に利用できるようになりました。

    • 2倍~20倍の圧縮率により、高速ファイル転送とデータ保存コストの削減を実現します。
    • 既存のデータアーカイブを簡単にまとめて圧縮する際には、無料のスタンドアローンツールCZI Shrinkをご利用ください。
    Direct Processing

    Direct Processing

    今回のリリースでは、Direct Processingに以下の改善が加えられました:

    • AIノイズ除去およびリニアアンミキシング(LSM Spectral Imaging用)をリモートワークステーションで実行することで、取得システムの計算負荷を軽減します。
    • Direct Processingは、LSMシステムおよびCelldiscoverer 7の混合モードでの取得と互換性があります。
    Connect Toolkit

    Connect Toolkit

    ZEN Connectツールキットに追加された最新の機能により、相関イメージングのメリットが得られます:

    • 今回のリリースでは、Dynamics ProfilerがConnectワークスペースに統合されました。
    • 一般的に利用可能なスクリーンショットを、マルチボリューム3Dデータから生成できます。
  • ZENプロファイルの自動選択

    ZENプロファイルの自動選択

    ZENの起動を簡素化
    適切なプロファイルを利用したZENの起動が、さらに簡素化されました。ZENはこれまで、有効な(部分的に複雑な)ライセンスに基づいて構成されていましたが、現在では利用可能なMTB ZENプロファイルに直接アクセスして選択できるようになりました。

    大容量データの処理をより迅速に

    大規模データの処理

    大容量データの処理をより迅速に
    データセットのボリュームが増加の一途をたどる中、大規模データの取り扱いは依然として、顕微鏡ユーザーにとっての最重要テーマとなっています。ZSTD可逆圧縮を画像取得のデフォルトに設定できるようになったことで、ファイル転送速度が向上し、データ保存が最適化されました。さらに、最大輝度投影、タイルスティッチング、画像ピラミッド生成のアルゴリズムも大幅に高速化されています。

    Direct Processingでのスティッチング

    Direct Processingでのスティッチング

    画像前処理の高速化および自動化
    大好評のワークフローツールDirect Processingに、また新たなツールセットが加わりました。ZEN 3.8では、自動取得ワークフローにスティッチングを直接組み込めると同時に、アルゴリズムの最適化と並列処理によるパフォーマンス向上のメリットを得ることができます。

    コンバラリア(スズラン)の茎の切片。ZEISS Axio Imagerで取得、Instance Segmentationでセグメンテーションを実施

    Instance Segmentation

    さらに進化したセグメンテーション
    Instanceセグメンテーションは現在、arivis AIクラウドプラットフォーム上での注釈付けおよびトレーニングが可能です。ZENでは、画像解析ウィザードとBio Appsツールキットを使用して、この新しいAI機能をワークフローに組み込むことができます。Instanceセグメンテーションを使えば、エラーが発生しやすく制約のある流域アルゴリズムに頼ることなく、互いに近接したオブジェクトであっても正確に分離するという問題が解決できます。

  • 利用モデルの柔軟性が高まり、ワークステーションリソースの有効活用が実現

    フローティングライセンス

    利用モデルの柔軟性が高まり、ワークステーションリソースの有効活用が実現
    ZENとそのツールキットパッケージにフローティングライセンスが導入されたことにより、施設における利用の幅が広がります。これまでZENユーザーは特定のワークステーションに制限されていましたが、その制限がなくなり、インフラリソースをより柔軟に利用できるようになりました。

    他の代替圧縮法と比較したZstandardメトリクス

    他の代替圧縮法と比較したZstandardメトリクス。 
    ソース:https://engineering.fb.com/2018/12/19/core-data/zstandard/

    Zstandardによる画像圧縮

    イメージングシステムの潜在能力をすべて活用
    高度なイメージングシステムの取得速度は、データ保存速度をはるかに上回るため、大規模なデータ実験には限界があります。そこでZEISSは、ZENにロスレスで高速なZstandard圧縮を搭載しました。これにより、最大20倍の圧縮率でデータ保存を高速化し、データエコノミーを最適化することができます。Zstandardは、Direct ProcessingモジュールとZEISS Lattice Lightsheet 7システムの両方に内蔵されています。また、.czi形式であれば、あらゆるデータにオプションで利用可能です。

     

    Smart Acquisitionパッケージ

    細部スキャンのクラス選択:暗部領域に隣接する緑色陽性細胞

    Smart Acquisitionパッケージ

    細部スキャンのクラス選択:暗部領域に隣接する緑色陽性細胞

    細部スキャンのクラス選択:暗部領域に隣接する緑色陽性細胞

    Smart Acquisitionパッケージ

    Guided Acquisitionワークフローの改善
    Guided Acquisitionモジュールには、より複雑なSmart Imagingワークフローも実行可能な新機能が追加されました。画像解析ウィザードに充実したクラス選択が加わり、どの程度詳細な取得を行うかを細かく調整できるようになりました。

    人工知能(AI)対応

    人工知能(AI)対応

    オープンモデル構造でモデル交換が可能に
    画像解析ソフトウェアでは、深層学習ツールをどこでも利用できるようになりました。ZEISSのソフトウェアポートフォリオも例外ではありません。シンプルなモデル交換をサポートするために、ZENとVision4DはAPEERの深層学習およびサードパーティーモデルの互換性を有しています。確立されたワークフローにおいて、お好きなモデルを無料で適用いただけます。

ダウンロード

    • ZEN Microscopy Software

      Your Complete Solution from Sample to Knowledge

      ページ: 32
      ファイルサイズ: 5 MB
    • ZEN Data Storage & Data Explorer

      ライフサイエンス分野のスマートデータ管理

      ページ: 4
      ファイルサイズ: 2 MB
    • ZEN 3D ツールキット

      3D ボリュームモデルの可視化と解析

      ページ: 4
      ファイルサイズ: 1 MB

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