ZEISS ZEN - Monitor with ZEN
ソフトウェア

ZEN顕微鏡ソフトウェア

試料観察からデータ取得まで完全に網羅するソリューション

ZENは、ZEISSの全イメージングシステムに搭載されているユニバーサルユーザーインターフェースです。ZENを使用すれば、シンプルなルーチン作業で素早く簡単に結果を得ることができます。複雑な研究実験も、ZENの柔軟性を活用して多次元的なワークフローを思い通りに設計することができます。どんな顕微鏡タスクでも、直感的に操作できるツールやモジュールがあなたをサポートします。

  • スマートな自動機能で画像を取得
  • 科学的に証明されたアルゴリズムで画像を処理
  • GPUを用いた3Dエンジンでビッグデータを可視化
  • 機械学習ベースのツールによる画像解析
  • 光学顕微鏡と電子顕微鏡間の相関イメージング
ZEISS ZEN - Smart Aquisition

スマートな画像取得

極めて複雑な実験も成功へと導く

ZEISS ZENでは、すべてのデバイスを、ひとつの便利なインターフェースで操作できます。インテリジェントコントロールセンターであるSmart Setupが、顕微鏡の種類を問わず設定を自動で行います。再現性の高い実験をお求めの場合もお任せください。過去に取得した生画像があれば、クリックするだけで撮影条件を正確に再現できます。その他にも、希少事象の検出をガイドしてくれるものや、ハードウェアのキャリブレーションをサポートしてくれるものなど、数多くの優れた自動化機能が搭載されています。

ZEISS ZEN - 定量的処理

定量的処理

信頼性と再現性のある結果を取得する

180種類以上の画像処理ツールがデータの変換や処理をサポートし、使用したい手法のキーワード(カイモグラフやデコンボリューションなど)を検索するだけで、ZENがその手法へと直接導きます。画像のメタデータをZENに読み込ませることで、論理的な処理ステップのみが表示され、デフォルトのパラメータが自動的に最適化されます。サードパーティ用のインポートツールを用いて、他のプラットフォームで得た画像を処理することも可能です。専用のワークスペースを使用すれば、複数の画像を一括処理できるため、簡単にバイアスのない定量的結果を得ることができます。

ZEISS ZEN - 強力なビジュアライゼーション

強力なビジュアライゼーション

ビッグデータへの確実な対応を実現

高倍率の巨大なマルチチャンネル・2Dタイルスキャンを素早く生成し、スマートフォンの地図アプリを使うように、ただマウスをスクロールするだけでスムーズに拡大・縮小できます。透明化処理されたマウス脳の、200 GBのデータもお任せください。ZENで読み込めば、多様な3Dレンダリング手法のスピードと明瞭さに驚くことでしょう。arivis ImageCore技術を搭載したZENのシステムリソースを効率的に使用することで、通常のコンシューマー向けハードウェアでも大容量の3D画像を表示できます。

ZEISS ZEN - 効果的な解析

簡単な解析

研究を効率的に進める

画像解析は、セグメンテーションおよびレジストレーションのデジタルツールを用いて顕微鏡画像から有意義な情報を抽出する際に不可欠です。ZENでは、シンプルなモジュール式Bio Appsがこれに対応します。各Bio Appは、例えばセルカウントや細胞密集度測定など、それぞれ1つのアプリケーションに最適化されており、カスタマイズされたセグメンテーション設定や合理化されたデータ表示が可能です。ウィザードベースのZEN Image Analysisモジュールでは、ステップバイステップで測定結果の作成をガイドします。

ZEISS ZEN - 独自の相関顕微鏡観察

独自の相関顕微鏡観察

複数のスケールやモダリティにまたがる視点を組み合わせる

ZENは、マルチモーダルデータを重ね合わせ、ナビゲートし、整理します。神経細胞間のシナプスを探して、その微細構造の情報を得ることに何日も費やしていませんか?ワイドフィールド蛍光顕微鏡の大きな実視野と電界放出形電子顕微鏡の高分解能を組み合わせることで、効率が格段に向上します。ZENなら蛍光標識された切片全体像を素早く把握できるため、電子顕微鏡イメージングで関心領域を特定し再配置することが可能です。

ZEISS ZEN - 安全なストレージ

安全なストレージ

複雑なテータの取り扱いも安心

ZENは、一つひとつの貴重な実験をそのメタデータとともに保存します。

.cziファイル形式はBio-Formatsと互換性があるため、ImageJや他の様々なサードパーティ製ソフトウェアで直接読み込むことができます。データをOME-TIFF(Open Microscopy Environment)にエクスポートすることで、複数のプラットフォームにまたがる画像データのやり取りがさらに簡素化されます。

膨大なデータを管理する場合、ZEN Data Storageで生データを保存・整理し、ユーザーアクセス権を管理することができる一方で、ZEN Data Explorerなら、ブラウザベースでどこからでもアクセスが可能です。

ZEN最新版リリースの注目ポイント

ZENの最新版リリースで追加された最新機能のメリットをどのように活用できるかご覧ください。

  • インスタンス・セグメンテーション

    インスタンス・セグメンテーション

    インスタンス・セグメンテーション機能に重要なアップデートが行われ、セグメンテーションの質が向上し、結果取得までの時間が短縮されました:

    • モデルトレーニング時間の大幅な削減
    • ZEN画像解析機能でのマルチチャンネルインスタンス・セグメンテーションモデル
    • 密集したオブジェクトを可視化するランダムオブジェクト彩色
    • インターネットアクセスが制限されているシステムのためのリモートモデルダウンロード
    ロスレス圧縮

    ロスレス圧縮

    Zstdによる高速ロスレス圧縮が、ZENによる画像取得で標準採用になりました。

    • 2倍~20倍の圧縮率により、高速ファイル転送とデータ保存コストの削減を実現します。
    • 既存のデータアーカイブを簡単にまとめて圧縮する際には、無料のスタンドアローンツールCZI Shrinkをご利用ください。
    Direct Processing

    Direct Processing

    今回のリリースでは、Direct Processingに以下の改善が加えられました:

    • AIノイズ除去およびリニアアンミキシング(LSM Spectral Imaging用)をリモート解析専用ワークステーションで実行することで、取得システムの計算負荷を軽減します。
    • Direct Processingは、LSMシステム付きCelldiscoverer 7のMixedモードでの画像撮影に対応しました。
    Connect Toolkit

    Connect Toolkit

    ZEN Connectツールキットに追加された最新の機能により、相関イメージングのメリットが増えました:

    • 今回のリリースでは、Dynamics ProfilerがConnectワークスペースに統合されます。
    • マルチボリュームの3Dデータから、論文用のスクリーンショットを作成できます。
  • ZENプロファイルの自動選択

    ZENプロファイルの自動選択

    ZENの起動を簡素化
    適切なプロファイルを利用したZENの起動が、さらに簡素化されました。ZENはこれまで、有効な(部分的に複雑な)ライセンスに基づいて構成されていましたが、現在では利用可能なMTB ZENプロファイルに直接アクセスして選択できるようになりました。

    大容量データの処理をより迅速に

    大規模データの処理

    大容量データの処理をより迅速に
    データセットのボリュームが増加の一途をたどる中、大規模データの取り扱いは依然として、顕微鏡ユーザーにとっての最重要テーマとなっています。ZSTD可逆圧縮を画像取得のデフォルトに設定できるようになったことで、ファイル転送速度が向上し、データ保存が最適化されました。さらに、最大輝度投影、タイルスティッチング、画像ピラミッド生成のアルゴリズムも大幅に高速化されています。

    Direct Processingでのスティッチング

    Direct Processingでのスティッチング

    画像の前処理の高速化および自動化
    大好評のワークフローツールDirect Processingに、また新たなツールセットが加わりました。ZEN 3.8では、自動取得ワークフローにスティッチングを直接組み込めると同時に、アルゴリズムの最適化と並列処理によるパフォーマンス向上のメリットを得ることができます。

    コンバラリア(スズラン)の茎の切片。ZEISS Axio Imagerで取得、Instance Segmentationでセグメンテーションを実施

    インスタンス・セグメンテーション

    さらに進化したセグメンテーション
    Instanceセグメンテーションは現在、arivis AIクラウドプラットフォーム上での注釈付けおよびトレーニングが可能です。ZENでは、画像解析ウィザードとBio Appsツールキットを使用して、この新しいAI機能をワークフローに組み込むことができます。Instanceセグメンテーションを使えば、エラーが発生しやすく制約のある分水嶺アルゴリズムに頼ることなく、互いに近接したオブジェクトであっても正確に分離することができます。

  • 利用モデルの柔軟性が高まり、ワークステーションリソースの有効活用が実現

    フローティングライセンス

    利用モデルの柔軟性が高まり、ワークステーションリソースの有効活用が実現
    ZENとそのツールキットパッケージにフローティングライセンスが導入されたことにより、施設における利用の幅が広がります。これまでZENユーザーは特定のワークステーションに制限されていましたが、その制限がなくなり、インフラリソースをより柔軟に利用できるようになりました。

    他の代替圧縮法と比較したZstandardメトリクス

    他の代替圧縮法と比較したZstandardメトリクス。 
    ソース:https://engineering.fb.com/2018/12/19/core-data/zstandard/

    Zstandardによる画像圧縮

    イメージングシステムの潜在能力をすべて活用
    高度なイメージングシステムの取得速度は、データ保存速度をはるかに上回るため、大規模なデータ実験には限界があります。そこでZEISSは、ZENにロスレスで高速なZstandard圧縮を搭載しました。これにより、最大20倍の圧縮率でデータ保存を高速化し、データエコノミーを最適化することができます。Zstandardは、Direct ProcessingモジュールとZEISS Lattice Lightsheet 7システムの両方に内蔵されています。また、.czi形式であれば、あらゆるデータにオプションで利用可能です。

     

    Smart Acquisitionパッケージ

    細部スキャンのクラス選択:暗部領域に隣接する緑色陽性細胞

    Smart Acquisitionパッケージ

    細部スキャンのクラス選択:暗部領域に隣接する緑色陽性細胞

    細部スキャンのクラス選択:暗部領域に隣接する緑色陽性細胞

    Smart Acquisitionパッケージ

    Guided Acquisitionワークフローの改善
    Guided Acquisitionモジュールには、より複雑なSmart Imagingワークフローも実行可能な新機能が追加されました。画像解析ウィザードに充実したクラス選択が加わり、どの程度詳細な取得を行うかを細かく調整できるようになりました。

    人工知能(AI)対応

    人工知能(AI)対応

    オープンモデル構造でモデル交換が可能に
    画像解析ソフトウェアでは、深層学習ツールをどこでも利用できるようになりました。ZEISSのソフトウェアポートフォリオも例外ではありません。シンプルなモデル交換をサポートするために、ZENとVision4DはAPEERの深層学習およびサードパーティーモデルの互換性を有しています。確立されたワークフローにおいて、お好きなモデルを無料で適用いただけます。

ダウンロード

    • ZEN 3D ツールキット

      3D ボリュームモデルの可視化と解析

      ファイルサイズ: 1 MB

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