蔡司ZEN——使用ZEN的显示器
软件

ZEN显微镜软件

从样品到结果的全套解决方案

ZEN是所有蔡司成像系统通用的用户界面。无论是简单工作还是常规工作,ZEN都会引导您直接获得结果。对于复杂的研究实验,ZEN可按照您所需的方式灵活设计多维工作流。直观的工具和模块助您完成任意显微任务:

  • 使用智能自动化的工具采集图像
  • 使用经过科学验证的算法处理图像
  • 通过GPU驱动的三维引擎对大数据进行可视化
  • 通过基于机器学习的工具分析图像
  • 关联光学和电子显微镜
蔡司ZEN——智能采集

智能采集

让棘手的实验成功进行

可使用统一的便捷界面操作您的每台设备。无论是何种显微镜类型,智能设置——即智能控制中心均可自动为您生成设置。若您希望进行重复性的实验?只需打开之前采集的原始图像,一键调用,即可精准复制相应的实验设置。还有更多智能的自动化功能待您探索:包括可引导您检测罕见事件、帮助您硬件校准等。

蔡司ZEN——定量处理

定量处理

获得可靠且可重复的结果

180多种图像处理工具助您转换和管理数据。只要搜索您所需方法的关键词,如记波器或去卷积,ZEN便会直接引导您至相应位置。ZEN将读取输入图像的元数据,然后仅显示逻辑处理步骤,并自动优化默认参数。您甚至可以使用第三方导入工具处理其他平台的图像。通过专门的操作界面,还可轻松批量处理多幅图像,获得定量和无偏差的结果。

蔡司ZEN——强大的可视化功能

强大的可视化功能

与您的大数据自如互动

您可在高放大倍率下快速生成大型多通道二维拼图,并像使用地图应用程序一样,轻松通过鼠标滚动顺滑地放大和缩小。有200 GB经透明化处理的小鼠大脑数据?只需将其载入ZEN,多种三维渲染方法的速度和清晰度将为您带来惊喜。借助arivis ImageCore技术并高效利用系统资源,您甚至可以在普通消费级硬件上查看大型三维图像。

蔡司ZEN——有效分析

轻松实现分析

有效地深入了解您的研究

通过数字分割和对齐工具进行图像分析对于从显微镜图像中提取有意义的信息至关重要。ZEN使用简单的模块化工具Bio Apps处理这项任务。每一个Bio App都对一种类型的应用进行了优化(如细胞计数或细胞融合度测量),具有量身定制的分割设置和简化的数据展示。ZEN中基于向导式的Image Analysis模块会逐步指导您创建个性化测量。

蔡司ZEN——极具特色的关联显微镜

极具特色的关联显微镜

将跨尺度和不同成像模式的视图相结合

ZEN可以将您的多模态数据进行叠加、导航、组织管理。您无需再花费数天时间,艰难地定位两个特殊神经元之间的突触以获得超微结构信息。宽场荧光显微镜的大视野与场发射电子显微镜的高分辨率相结合,可显著提高您的效率。ZEN让您可以通过荧光标记快速概览整个切片,识别并重新定位用于电镜成像的感兴趣区域。

蔡司ZEN——安全的存储

安全的存储

处理复杂数据不在话下

ZEN存储所有有价值的实验及其元数据。

.czi是Bio-Formats兼容的文件格式,可通过ImageJ和众多其他第三方软件直接读取。您还可将数据导出至OME-TIFF(Open Microscopy Environment,开放显微成像软件),进一步促进跨平台图像数据的转换。

为管理海量数据,ZEN提供了一个基于服务器的中央平台,用于存储和组织您的原始数据并管理用户访问权限。此外,您还可以通过ZEN Data Explorer,随时随地从浏览器进行访问。

ZEN工具包结构

重要ZEN工具包概览
重要ZEN工具包概览

优化的访问,无限的可能

ZEN软件为所有显微镜用户提供了一个全面的端到端解决方案,它不断进化以满足生命科学领域不断涌现的新需求。例如,它新增了自动智能采集、直观的图像分析和基于云的数据管理等功能。然而,增加的功能也使ZEN生态系统更加复杂。使用ZEN工具包结构,选项更为精简,众多功能唾手可得。您可以根据自己的实验需求,选择性地安装包含采集、分析和特定高级功能的工具包,从而量身定制自己的ZEN软件环境。

ZEN工具包

  • 基础版
    使用手动、编码和电动显微镜进行多通道荧光和时间序列实验的基本图像采集。

    电动聚焦
    获取多通道荧光、时间序列和Z轴序列实验图像,并具有软件自动聚焦及焦深扩展处理和同步数据处理功能。

    电动
    获取多通道荧光、时间序列、Z轴序列、拼图和多点位实验图像,并具有软件自动聚焦及焦深扩展处理和同步数据处理功能。

    高级
    获取多通道荧光、时间序列、Z轴序列、拼图扫描、多点位和共聚焦HDR实验图像,并具有软件自动聚焦及焦深扩展处理、同步数据处理和共定位分析功能。

    智能
    使用简单的用户界面设置不同类型的采集实验,并使用图像分析或Python脚本工具进行自适应自动图像采集。

  • 2D
    使用扩展的图像处理功能,利用直观的软件向导程序指导进行自动2D图像分析。

    3D
    使用扩展图像处理功能,借助高级渲染工具显示3D/4D序列图像,利用直观的软件向导程序指导进行自动3D图像分析。

    Vision4D
    使用独立Vision4D软件平台的柔性管理和机器学习工具,显示和分析不限大小的3D/4D数据。

    AI
    基于深度学习算法对图像进行分割、分类和降噪,可通过专门用于人工智能模型训练的用户界面访问。

    关联(Connect)
    使用以样品为中心的操作界面和专用文件管理系统,获取并关联来自不同设备(如光学和电子显微镜)的图像。

    开发者(Developer)
    使用专门的Python脚本编辑器进行记录、调试和代码补全,以自定义和自动化采集、处理和分析图像。

    分子量化分析(Molecular Quantification)
    在使用成熟算法的专用分析操作界面中,使用荧光漂白后恢复、荧光共振能量转移和比率成像进行分子动力学采集和分析。 

    去卷积(Deconvolution)
    由高效多CPU/多GPU处理器提供支持,使用15种已发布的去卷积算法,将2D和3D数据分辨率直观地提高至120 nm。

    Bio Apps
    通过基于人工智能的分割和定制的结果展示,实现开箱即用的细胞计数、细胞融合度测量、点检测和基因/蛋白质表达的功能。

新版ZEN的产品亮点

了解您是否可从新版ZEN的可用功能中受益。

  • 实例分割

    实例分割

    实例分割已有重要更新,将为您提高分割质量并缩短取得结果所需的时间:

    • 显著节省模型训练时间
    • ZEN Image Analysis中有多通道实例分割模型
    • 随机对象着色适用于可视化密集对象
    • 远程模型下载适用于互联网访问受限的系统
    无损压缩

    无损压缩

    Zstd的快速无损压缩现可用作ZEN图像采集的标准配置。

    • 在介于2倍和20倍的压缩率下,您将受益于快速的文件传输速率和更低的数据存储成本。
    • 要轻松批量压缩现有数据档案,请使用我们的免费独立工具CZI Shrink。
    同步数据处理

    同步数据处理

    在这一版本中,同步数据处理已有如下改进:

    • 通过在远程工作站上运行人工智能去噪和线性拆分(用于LSM光谱成像),减少采集系统的计算负载。
    • 同步数据处理现已可与LSM系统和Celldiscoverer 7上的混合模式采集配合使用。
    关联工具包(Connect Toolkit)

    关联工具包(Connect Toolkit)

    您的关联成像将受益于ZEN Connect工具包的近期新增功能:

    • Dynamics Profiler现已集成至Connect操作界面。
    • 可从多组三维数据中创建可供发表的屏幕截图。
  • 自动ZEN配置文件选择

    自动ZEN配置文件选择

    简化您的ZEN启动
    使用合适配置文件启动ZEN的过程得到了进一步简化。过去,ZEN可根据可用(部分复杂)许可证进行自我配置,现在则可直接访问可用的MTB ZEN配置文件进行选择。

    数据更多、处理更快

    大型数据处理

    数据更多、处理更快
    随着数据集的不断增大,大型数据处理仍是显微镜用户的一个重要话题。ZSTD无损压缩现可设置为图像采集的默认模式,提高了文件传输速率并优化了数据存储。此外,最大强度投影算法、图片拼接和图像金字塔生成的速度也有显著提升。

    同步数据处理中的拼接

    同步数据处理中的拼接

    更快更自动化的图像预处理
    备受欢迎的“同步数据处理”工作流工具又增加了新成员。通过ZEN 3.8,您能将拼接直接纳入自动采集工作流,同时享受算法优化和同步处理带来的性能提升优势。

    铃兰茎切片,使用蔡司Axio Imager采集并用实例分割进行分割

    实例分割

    图像分割的革命仍在继续...
    实例分割现可用于在arivis人工智能云平台上进行注释和训练。在ZEN中,图像分析向导和Bio Apps工具包已准备好将这种新的人工智能功能集成至您的工作流。实例分割能够将彼此距离很近的对象准确分离,无需依赖容易出错且有局限性的分水岭算法。

  • 提升用户灵活性并更加有效地利用工作站资源

    浮动许可证

    提升用户灵活性并更加有效地利用工作站资源
    ZEN浮动许可证及其工具包套装的引入可扩展您机构中的使用模型。先前受限于特定工作站的ZEN用户将突破局限,可更灵活地使用您的基础架构资源。

    与其他压缩方法相比的Zstandard指标

    Zstandard指标与其他压缩方法的对比。
    来源:https://engineering.fb.com/2018/12/19/core-data/zstandard/

    由Zstandard进行图像压缩

    充分利用成像系统的潜力
    高级成像系统的采集速率很容易就会超过数据存储速度,从而限制了大数据的实验。ZEN现配备无损快速的Zstandard压缩技术。压缩比高达20倍,可加速数据存储并优化数据的经济性。Zstandard内置了同步数据处理(Direct Processing)模块和蔡司Lattice Lightsheet 7系统。.czi格式的任何数据均可选用Zstandard。

     

    智能采集套装

    详细扫描类别选择:黑暗区域旁边的绿色阳性细胞

    智能采集套装

    详细扫描类别选择:黑暗区域旁边的绿色阳性细胞

    详细扫描类别选择:黑暗区域旁边的绿色阳性细胞

    智能采集套装

    向导式采集工作流的改进
    向导式采集模块配备了新功能,可以进行更复杂的智能成像工作流。为此,该模块现于图像分析向导中配备了完全开发的类别选择功能,并允许精准调整应采集的细节数量。

    与人工智能(AI)协同

    与人工智能(AI)协同

    开放式模型架构实现模型交换
    深度学习工具的应用已在图像分析软件中无所不在,蔡司软件产品组合也不例外。为促进便利的模型交换,ZEN和Vision4D与APEER深度学习以及第三方模型兼容。您可在现有工作流中免费应用已偏好的模型。

下载

    • ZEN Microscopy Software

      Your Complete Solution from Sample to Knowledge

      文件大小: 5 MB
    • ZEN Data Storage and Data Explorer

      Smart data management in life sciences

      文件大小: 2 MB
    • ZEN 3D Toolkit

      Visualization and Analysis of 3D Volume Models

      文件大小: 1 MB
    • Quick Guide ZEN (blue edition)

      文件大小: 3 MB

联系蔡司显微镜事业部

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