ZEISS ZEN – Monitor mit ZEN
Software

ZEN Mikroskopie-Software

Die Komplettlösung – von der Probe zum Ergebnis

ZEN ist die einheitliche Benutzeroberfläche für alle Bildgebungssysteme von ZEISS. Lassen Sie sich von der ZEN Software bei einfachen Mikroskopiearbeiten direkt zum Ziel führen. Für komplexe Forschungsexperimente können Sie mit ZEN flexibel multidimensionale Workflows ganz nach Ihren Bedürfnissen erstellen. Ganz gleich, welche Aufgabe Sie mit Ihrem Mikroskop bewältigen wollen, die intuitiven Tools und Module von ZEN unterstützen Sie bei jedem Schritt:

  • Bildaufnahme mit intelligenter Automatisierung
  • Bildverarbeitung mit wissenschaftlich fundierten Algorithmen
  • Visualisierung großer Datenmengen mit GPU-basierter 3D-Engine
  • Bildanalyse mit Machine-Learning-Tools
  • Korrelation von Licht- und Elektronenmikroskopen
ZEISS ZEN – Intelligente Bildaufnahme

Intelligente Bildaufnahme

Auch hochkomplexe Experimente erfolgreich abschließen

Bedienen Sie alle Ihre Geräte mit einer einzigen, benutzerfreundlichen Software. Die Steuerzentrale „Smart Setup“ findet automatisch die richtigen Einstellungen für Sie – ganz gleich, welcher Mikroskoptyp verwendet wird. Ihre Experimente sollen reproduzierbar sein? Verwenden Sie einfach ein Rohbild von früheren Aufnahmen: Mit einem einzigen Klick werden die entsprechenden Einstellungen haargenau repliziert. Darüber hinaus bietet ZEN viele weitere intelligente Automatisierungsfunktionen: Einige unterstützen beim Auffinden seltener Ereignisse, andere unterstützen Sie bei der Kalibrierung der Hardware.

ZEISS ZEN – Quantitative Verarbeitung

Quantitative Verarbeitung

Verlässliche, reproduzierbare Ergebnisse erzielen

Mehr als 180 Bildverarbeitungsprogramme erleichtern Ihnen die Umwandlung und Verwaltung Ihrer Daten. Ob Kymografie oder Dekonvolution – mit ZEN suchen und finden Sie Verarbeitungsmethoden ganz einfach über die Stichwortsuche. ZEN liest die Metadaten der importierten Bilder aus, zeigt Ihnen ausschließlich die dafür sinnvollen Verarbeitungsschritte an und optimiert die voreingestellten Parameter automatisch. Mit Tools zum Import von Drittanbieterdateien lassen sich zudem Bilddaten aus anderen Plattformen übernehmen. Darüber hinaus können Sie mit einem separaten Funktionsbereich mühelos mehrere Bilder im Stapel verarbeiten und so unverfälschte quantitative Ergebnisse erzeugen.

ZEISS ZEN – Leistungsstarke Visualisierung

Leistungsstarke Visualisierung

Souverän mit großen Datensätzen arbeiten

Generieren Sie im Handumdrehen eine große 2D-Kachelaufnahme mit starker Vergrößerung und mehreren Kanälen, die Sie durch einfaches Scrollen mit der Maus stufenlos vergrößern und verkleinern können – wie bei einer Karten-App auf Ihrem Smartphone. Sie haben bei der Arbeit mit einem aufgeklärten Mäusehirn 200 GB Daten erhalten? Laden Sie diese einfach in die ZEN Software und lassen Sie sich von der Schnelligkeit und der Detailtreue der verschiedenen 3D-Rendering-Methoden begeistern. Mit der arivis ImageCore Technologie und der effizienten Nutzung der Systemressourcen lassen sich die großen 3D-Bilder sogar auf gewöhnlichen Notebooks anzeigen.

ZEISS ZEN – Effektive Analysen

Souveräne Analysen

Effizient Einblick in Forschungsdaten erhalten

Bildanalysen mit Tools zur Segmentierung und Ausrichtung sind unverzichtbar, um aussagekräftige Informationen aus Mikroskopiedaten zu gewinnen. Dabei unterstützt ZEN mit den modularen und anwendungsfreundlichen Bio Apps. Jede Bio App ist für eine bestimmte Anwendung wie Zellzählung oder Konfluenzmessungen ausgelegt und bietet individuelle Segmentierungseinstellungen sowie eine optimierte Datenanzeige. Das ZEN Image Analysis Modul mit Wizard-Assistent führt Sie Schritt für Schritt durch die Erstellung Ihrer individuellen Messungen.

ZEISS ZEN – Einzigartige korrelative Mikroskopie

Einzigartige korrelative Mikroskopie

Perspektiven über verschiedene Skalierungen und Modalitäten hinweg kombinieren

ZEN überlagert, navigiert und organisiert multimodale Daten. Verbringen Sie Tage damit, mühsam Synapsen zwischen zwei bestimmten Neuronen zu lokalisieren, um die ultrastrukturellen Informationen zu ermitteln? Sie könnten wesentlich effizienter arbeiten, wenn Sie das große Sehfeld eines Weitfeld-Fluoreszenzmikroskops und das hohe Auflösungsvermögen eines Feldemissionsmikroskops miteinander kombinieren. Mit ZEN können Sie schnell den gesamten fluoreszenzgefärbten Schnitt überblicken und Interessensbereiche für die elektronenmikroskopische Bildaufnahme identifizieren und erneut anfahren.

ZEISS ZEN – Datenspeicherung

Sichere Speicherung

Auch komplexe Daten ganz unkompliziert verwalten

ZEN speichert jedes Ihrer kostbaren Experimente mit allen dazugehörigen Metadaten.

Das CZI-Format ist mit Bio-Formats kompatibel und kann direkt von ImageJ und vielen weiteren Drittanbieter-Softwareprodukten gelesen werden. Für den einfachen plattformübergreifenden Austausch von Bilddaten lassen sich die Dateien außerdem in OME-TIFF (Open Microscopy Environment) konvertieren.

ZEN speichert und organisiert Ihre Rohdaten und verwaltet die Zugriffsrechte der Benutzer auf einer zentralen, serverbasierten Plattform, um die Verwaltung großer Datenmengen zu erleichtern. Mit ZEN Data Explorer ist der standortunabhängige Zugriff per Browser möglich.

Die ZEN Toolkit-Struktur

Übersicht über die wichtigsten ZEN Toolkits
Übersicht über die wichtigsten ZEN Toolkits

Grenzenlose Möglichkeiten einfacher nutzen

Die ZEN Software ist die umfassende Komplettlösung für alle Mikroskopbenutzer. Die Software wird fortlaufend weiterentwickelt und mit zusätzlichen Funktionen für neue Anwendungen in den Biowissenschaften ausgestattet, darunter automatisierte intelligente Bildaufnahme, intuitive Bildanalyse und cloudbasierte Datenverwaltung. Doch diese große Bandbreite an Funktionen macht das ZEN Ökosystem zunehmend komplexer. Die Toolkit-Struktur von ZEN stellt Ihnen daher vereinfachte Optionen bereit, mit denen sich die vielen Funktionen besser nutzen lassen. Stimmen Sie mit Toolkits für die Bildaufnahme, die Analyse und besondere Funktionen Ihre ZEN Umgebung speziell auf Ihre Experimente ab.

ZEN Toolkits

  • Base
    Grundlegende Bildaufnahmefunktionen für Mehrkanalfluoreszenz und zeitaufgelöste Versuche mit manuellen, kodierten und motorisierten Mikroskopen.

    Motorized Focus
    Bildaufnahmefunktionen für Mehrkanalfluoreszenz, zeitaufgelöste Versuche und Z-Stapel einschließlich der Tools Software Autofocus, Extended Depth of Focus und Direct Processing.

    Motorized
    Bildaufnahmefunktionen für Mehrkanalfluoreszenz, zeitaufgelöste Versuche, Z-Stapel, Kachelaufnahmen und Versuche mit mehreren Positionen, einschließlich der Tools Software Autofocus, Extended Depth of Focus und Direct Processing.

    Advanced
    Bildaufnahmefunktionen für Mehrkanalfluoreszenz, zeitaufgelöste Versuche, Z-Stapel, Kachelaufnahmen, Versuche mit mehreren Positionen und konfokale HDR-Versuche, einschließlich der Tools Software Autofocus, Extended Depth of Focus, Direct Processing und der Funktion zur Kolokalisationsanalyse.

    Smart
    Konfiguration uneinheitlicher Aufnahmeversuche über eine einfache Benutzeroberfläche und adaptive sowie automatisierte Aufnahmenerstellung mit Bildanalyse- oder Python-Skripttools.

  • 2D
    Erweiterte Bildverarbeitungsfunktionen und automatisierte 2D-Bildanalysen mit Unterstützung durch einen intuitiven Software-Assistenten.

    3D
    Erweiterte Bildverarbeitungsfunktionen, Visualisierung von 3D-/4D-Bildstapeln mit modernen Rendering-Werkzeugen und 3D-Bildanalysen mit Unterstützung durch einen intuitiven Software-Assistenten.

    AI
    Segmentierung, Klassifizierung und Rauschunterdrückung für Bilder mithilfe von Deep-Learning-Algorithmen, die über eine spezielle Benutzeroberfläche für das Training von KI-Modellen zugänglich sind.

    Connect
    Aufnahme und Korrelation von Bildern verschiedener Systeme wie Licht- und Elektronenmikroskopen, mit probenzentriertem Arbeitsbereich und dediziertem Dateiverwaltungssystem.

    Developer
    Anpassung und Automatisierung von Bildaufnahme, -verarbeitung und -analyse mit einem speziellen Python-Skripteditor für Erfassung, Debugging und Codevervollständigung.

    Molecular Quantification
    Aufnahme und Analyse von Moleküldynamiken mit FRAP, FRET und Ratio Imaging in einem eigenen Analysebereich unter Einsatz bewährter Algorithmen. 

    Deconvolution
    Intuitive Optimierung der Auflösung von 2D- und 3D-Daten bis auf 120 nm durch Verwendung von 15 veröffentlichten Dekonvolutionsalgorithmen mittels einer effizienten Mehrfach-CPU/Mehrfach-GPU-Verarbeitung.

    Bio Applications
    Direkt einsatzbereite Zellzählung, Konfluenzmessung, Spoterkennung und Gen-/Proteinexpression mit KI-basierter Segmentierung und anwenderorientierter Ergebnispräsentation.

Highlights der neuesten ZEN Version

So können Sie von den neuesten Funktionen in der aktuellen ZEN Version profitieren.
  • Microscopy Copilot

    Unser neuer KI-Chatbot in ZEN, der derzeit auf LSM-Systemen verfügbar ist, hat wesentliche Updates erhalten:

    • Unterstützt verschiedene ZEN-Versionen und beantwortet versionsspezifische Fragen
    • Berücksichtigt unterschiedliche Funktionen der LSM 910/990
    • Verbesserte Stabilität auch bei langen Antworten
    • Berücksichtigt die Gesprächshistorie
    Mit Histon-AF488 markierte, sich teilende Zellkerne in einem sich entwickelnden Drosophila-Embryo. Probe mit freundlicher Genehmigung der Ocean University of China.

    Lightfield 4D

    Das Hochgeschwindigkeits-LSM Lightfield 4D-Imaging hat wichtige Updates erhalten:

    • Viluma 9-Kompatibilität für schnelle Mehrfarbendarstellung und hohe Beleuchtungsleistung im 500-600-nm-Spektrum
    • Maximale Größe des Positionsfeldes auf 1000 erhöht
    • Beschleunigung des Direct Processing um den Faktor zwei
    • Verbesserungen der Benutzerfreundlichkeit bei der Lightfield-Verarbeitung
    Mit einem Lattice SIM Mikroskop aufgenommenes Bild, das Cos-7-Zellen zeigt, die für Mikrotubuli (cyan) und Aktin (orange) gefärbt wurden
    Cos-7-Zellen, gefärbt für Mikrotubuli (cyan) und Aktin (orange)

    Lattice SIM

    Lattice SIM hat einige erhoffte Verbesserungen der Benutzerfreundlichkeit erhalten:

    • Automatische Synchronisation des gewählten Objektivs mit allen Aufnahmereihen des Experiments
    • Smart Setup ermöglicht die Festlegung von Farbstoffnamen in den Aufnahmereihen
    Oberfläche der ZEN Software mit einer verbesserten Auswahl von Segmentierungsoptionen, mit verbesserten visuellen Beispielen und Erläuterungen für jede Option.

    Zusätzliche Verbesserungen

    Eine Reihe von kleinen Ergänzungen runden diese Version ab:

    • Bildanalyse (2D/3D Toolkit): Verbesserte Benutzeroberfläche für die Auswahl von Segmentierungsmethoden
    • AI Toolkit: Verbesserter Import von Mehrkanalbildern für das Training von Intellesis-Segmentierungsmodellen
    • Import von Dateien: Glencoe Bioformats Importer wurde auf die neueste Version 8.0.1-761 aktualisiert
    • LSM: Iterative Dekonvolution (DCV) für konfokale Bilder, kompatibel mit LSM Plus
  • Workflow-Organigramm der Guided Acquisition mit wiederholten Aufnahmeschritten
    Workflow-Organigramm der Guided Acquisition mit wiederholten Aufnahmeschritten

    Guided Acquisition mit wiederholten Aufnahmeschritten

    Guided Acquisition mit wiederholten Aufnahmeschritten

    Guided Acquisition

    Neue Funktionen in Guided Acquisition ermöglichen leistungsfähiges Zeitraffer-Imaging:

    • Führen Sie ein Experiment in sich wiederholten Schleifen aus, um seltene Ereignisse dynamisch zu finden.
    • Erstellen Sie hochaufgelöste Zeitrafferaufnahmen Ihrer favorisierten biologischen Prozesse.
    • Schützen Sie Ihre Probe vor unnötigem Ausbleichen und Ihren Speicherplatz vor überflüssigen Daten.

    Deep Learning

    Der Deep-Learning-Segmentierungs-Workflow wurde umfangreich aktualisiert:

    • Superschnelle Bildannotationen mit Segment Anything (SAM) in arivis Cloud
    • Vereinfachte Modellverwaltung mit neuer Filterfunktion im ZEN Model Store
    Verbessertes Smart Setup
    Verbessertes Smart Setup

    Verbessertes Smart Setup

    Kanaldefinition und Smart Setup in ZEN bauen nunmehr auf einer neuen spektralen Datenbank auf:

    • Die neue Datenbank enthält zahlreiche moderne Farbstoffe, insbesondere für genetisch kodierte fluoreszierende Proteine.
    • Die Datenbank wird von der wissenschaftlichen Gemeinschaft gepflegt und aktualisiert.
    • Die älteren Spektren aus der bisherigen Datenbank bleiben weiterhin verfügbar.

    Microscopy Copilot

    Der Microscopy Copilot, Ihr persönlicher KI-Assistent, hilft Ihnen, interaktiv neue Möglichkeiten für Ihre Imaging-Experimente zu entdecken:

    • Einsteiger und erfahrene Nutzer erhalten sofort Ratschläge, wie sie das Aufnahme-Setup optimieren.
    • Der Chatbot berücksichtigt Ihre LSM-Systemkonfiguration.
    Bildschirmfoto: Joint Deconvolution (jDCV) im Airyscan Multiplex-Modus
    Bildschirmfoto: Joint Deconvolution (jDCV) im Airyscan Multiplex-Modus

    Ausrichtung der Basalkörper (rot) und Basalfüße (grün). Mit freundlicher Genehmigung von G. Eichele, Abteilung Gene und Verhalten, Max-Planck-Institut für biophysikalische Chemie, Göttingen

    Ausrichtung der Basalkörper (rot) und Basalfüße (grün). Mit freundlicher Genehmigung von G. Eichele, Abteilung Gene und Verhalten, Max-Planck-Institut für biophysikalische Chemie, Göttingen

    Joint Deconvolution (jDCV) im Airyscan Multiplex-Modus

    Diese neue Verarbeitungsfunktion beruht auf dem bewährten jDCV-Algorithmus und Airyscan Multiplexing. Sie liefert überragende Bildqualität mit hoher Imaging-Geschwindigkeit und ist mit Direct Processing und Batch Processing kompatibel.

  • Transgene Larve des Zebrafisches, 4 Tage nach der Befruchtung. Links: Optische Schnitte mit Apotome
    Transgene Larve des Zebrafisches, 4 Tage nach der Befruchtung. Rechts: nachfolgende Verarbeitung mit Apotome Plus.
    Transgene Larve des Zebrafisches, 4 Tage nach der Befruchtung. Links: Optische Schnitte mit Apotome, rechts: nachfolgende Verarbeitung mit Apotome Plus. Mit freundlicher Genehmigung von H. Reuter, Leibniz-Institut für Alternsforschung – Fritz-Lipmann-Institut e.V. (FLI), Deutschland.

    Apotome Plus

    Dieser neue Verarbeitungsalgorithmus für Apotome Datensätze liefert eine konfokalähnliche Bildqualität auf Weitfeldmikroskopen:

    • Laterale Auflösung bis hinab zu 180 nm 
    • Höhere axiale Auflösung
    • Besseres Signal-Rausch-Verhältnis (SNR)
    • Vollständige Integration in ZEN Direct Processing und Batch Processing Workflows
    Bildschirmfoto: FLIM-Erfassung mit NLO-Lasern
    Bildschirmfoto: FLIM-Erfassung mit NLO-Lasern

    FLIM-Erfassung mit NLO-Lasern

    Dieses neue ZEN Erfassungsmodul ermöglicht NLO-FLIM (Nonlinear Optical Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy) auf ZEISS LSM 980 Systemen.

    • Kompatibel mit Ein- oder Zweilinien-Anregung
    • Ein- oder Zweikanal-Non-descanned-Detektion
    Bildschirmfoto: ZEN lite Modul für kodierte Mikroskope
    Bildschirmfoto: ZEN lite Modul für kodierte Mikroskope

    ZEN lite Modul für kodierte Mikroskope

    Dieses Modul erweitert die Möglichkeiten von ZEN lite – der kostenlosen ZEN Version für grundlegende Anforderungen bei Bilderfassung und -analyse – auf die Steuerung von Mikroskopen mit kodierten Komponenten:

    • Auslesen, Anzeigen und Anpassen von Konfigurationen für kodierte Mikroskope in ZEN lite
    • LED-Lichtquellensteuerung mit ZEN lite
    Produktfoto der Viluma Produktfamilie: Viluma 5, Viluma 7, Viluma 9
    Produktfoto der Viluma Produktfamilie: Viluma 5, Viluma 7, Viluma 9

    Integration von Viluma-Lichtquellen

    Die Lichtquellen für die Fluoreszenzbildgebung der ZEISS Viluma Produktfamilie bieten Ihnen alle Vorteile der modernen LED-Technologie. Durch die Integration der neuen Lichtquellen in ZEN 3.11 können Sie das Potenzial dieser Lichtquellen überall in ZEN und im gesamten ZEISS Portfolio von Weitfeldmikroskopen voll ausschöpfen.

    Instanzsegmentierung
    Instanzsegmentierung

    Mehr Leistung durch Instanzsegmentierung

    Die ZEN Version 3.11 setzt die Leistungssteigerung bei der Instanzsegmentierung weiter fort:

    • Schnellere Ergebnisse in allen Workflows mit Instanzsegmentierung
    • Schnellere Schulung
    • Schnellerer Modell-Download zwischen ZEISS arivis Cloud und ZEN

    Bis zu 90 %

    Höhere Geschwindigkeit für umfassendes Imaging mit mehreren Sequenzen in einem einzigen Arbeitsgang

    Bis zu 90 %

    schneller bei großen 2D-Bildern, 3D-Daten und Zeitreihen

    Bis zu 3-mal

    Höhere Geschwindigkeit für Datensätze mit kleinen Objekten

    Bis zu 3-mal

    schnellere Filterung von Rohvorhersagen

    Bis zu 30 %

    Höhere Geschwindigkeit für Parallelisierung
  • Instanzsegmentierung
    Instanzsegmentierung

    Mehr Leistung durch Instanzsegmentierung

    Nach der Optimierung der Deep-Learning-Trainingsleistung in der Vorgängerversion ermöglicht diese Version nun einen schnelleren Modelleinsatz. Ihre Vorteile:

    • Schnellere Ergebnisse bei der Instanzsegmentierung
    • Schnellere Rückschlüsse auch im Bildanalyseassistenten, in Bio Apps und in Guided Acquisition Workflows

    Bis zu 90 %

    schneller bei großen 2D-Bildern, 3D-Daten und Zeitreihen

    Bis zu 3-mal

    schnellere Segmentierung von Datensätzen bei kleinen Objekten

    Bis zu 3-mal

    schnellere Filterung von Rohvorhersagen

    2-mal bis 30-mal

    schnellere Übertragung von Modellen nach ZEN
    Als Benutzer des Bio Apps-Toolkits können Sie jetzt die Translokation von Molekülen in den Kern analysieren
    Als Benutzer des Bio Apps-Toolkits können Sie jetzt die Translokation von Molekülen in den Kern analysieren

    Neu in Bio Apps: Translokation

    Als Benutzer des Bio Apps-Toolkits können Sie jetzt die Translokation von Molekülen in den Kern analysieren. Die neue Methode bietet folgende Vorteile:

    • Einfache Setups in einem Schritt
    • Eine gesonderte Ergebnisansicht mit Heatmaps für Multiwellplatten
    • Optionale Integration einer erweiterten Deep-Learning-Segmentierung
      Parallele Bildverarbeitung mit Lattice SIM
      Parallele Bildverarbeitung mit Lattice SIM

      Parallele Bildverarbeitung mit Lattice SIM

      Die Bildverarbeitung mit Lattice SIM wurde als Feature von Direct Processing implementiert. Bei der Nutzung von SIM² Bildverarbeitungsworkflows profitieren Sie von:

      • Schnelleren Ergebnissen
      • Höheren Rechenressourcen durch parallele Verarbeitung auf einer speziellen Workstation
      • Intelligenter Datenkomprimierung für schnellere Dateiübertragung
        KI-gestützte Live-Rauschunterdrückung
        KI-gestützte Live-Rauschunterdrückung

        KI-gestützte Live-Rauschunterdrückung

        Bei Weitfeldmodalitäten können Benutzer des AI Toolkits jetzt den Deep-Learning-Algorithmus Noise2Void im kontinuierlichen Aufnahmemodus einsetzen. Dies ermöglicht:

        • Effiziente Live-Rauschunterdrückung dank erstklassigem Algorithmus
        • Probeuntersuchung mit Qualitätsbildern bei schwacher Ausleuchtung
        • Weniger Phototoxizität und Photobleaching

        Downloads

          • ZEN Microscopy Software

            Your Complete Solution from Sample to Knowledge

            10 MB
          • Institutional Licenses

            Your Subscription-Based Entry to the ZEISS Software Ecosystem

            1003 KB
          • ZEISS arivis Hub

            Scale up and Automate Your Image Analysis

            556 KB
          • ZEN Data Storage und Data Explorer

            Smartes Datenmanagement für den Life-Sciences-Bereich

            2 MB


          • ZEN 3D Toolkit

            Visualisierung und Analyse von 3D-Volumenmodellen

            1 MB


        Verfügbare Übersetzungen und weitere Benutzerhandbücher finden Sie im ZEISS Download Center.

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